嫌疑人明确但五年后到案的，司法机关将根据其到案时的犯罪情节、证据状况及法律规定进行综合处理，具体分为以下几种情况：

1. 若犯罪情节较轻且未超过追诉时效
   根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年。若嫌疑人所涉罪名最高刑在此范围内，且五年内未逃避侦查或审判（如未被通缉、未隐匿身份），则追诉时效可能已届满，司法机关将不再追究刑事责任。但若其存在逃避行为，追诉时效将重新计算（《刑法》第八十八条），此时仍可追诉。

2. 若犯罪情节严重或追诉时效未届满
   若嫌疑人所涉罪名法定最高刑超过五年（如十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑），追诉时效为十五年至二十年，五年后到案仍可追诉。司法机关将依据现有证据审查犯罪事实，若证据充分，将依法提起公诉或审判。此时，嫌疑人到案后的认罪态度、自首情节等可能影响量刑（《刑法》第六十七条）。

3. 若证据不足或存在程序瑕疵
   即使嫌疑人到案，若关键证据因时间久远而灭失（如物证损毁、证人记忆模糊），或侦查程序存在违法（如超期羁押、非法取证），可能导致案件无法达到“犯罪事实清楚，证据确实充分”的证明标准（《刑事诉讼法》第五十五条）。此时，司法机关可能作出不起诉决定或法院判决无罪。

4. 特殊情形：嫌疑人主动投案
   若嫌疑人在五年后主动投案并如实供述罪行，可构成自首（《刑法》第六十七条），依法可从轻或减轻处罚。若犯罪较轻，甚至可能免除处罚。但需注意，自首需同时满足“自动投案”和“如实供述”两个要件，仅到案不配合调查不构成自首。

实务建议：

• 嫌疑人到案后，应第一时间委托律师介入，分析证据链条是否完整、追诉时效是否届满等关键问题；
  
• 若证据存疑或程序违法，律师可申请非法证据排除或要求补充侦查；
  
• 若存在自首、立功等情节，律师可协助争取从宽处理。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。