针对“双方共同投资用对方的公司怎么算账”这一问题，核心在于明确共同投资下双方的权利义务、资金管理、利润分配及风险承担等事项。以下是具体分析：

1. 明确合作模式与法律关系
   首先需明确双方是采用股权合作（如一方成为对方公司股东）还是项目合作（如共同出资成立新项目，但公司主体不变）。

   • 若为股权合作：需签订《增资协议》或《股权转让协议》，明确出资额、股权比例、公司估值等，算账依据为公司章程及《公司法》规定的股东权利（如分红权、表决权）。
     
   • 若为项目合作：需签订《合作协议》，约定资金投入、利润分配比例、亏损承担方式等，算账以协议约定为准，与公司原有财务独立。

2. 资金管理与财务透明

   • 共同账户：建议设立专用账户管理投资款，双方共同监管或委托第三方（如会计师事务所）审计，避免资金混同。
     
   • 财务记录：详细记录每笔资金用途（如采购、人力成本），保留发票、合同等凭证，确保账目清晰可追溯。
     
   • 定期对账：约定每月/季度对账，双方签字确认收支明细，避免后期纠纷。

3. 利润分配与亏损承担

   • 利润分配：按协议约定比例分配，需扣除运营成本、税费等。若公司有其他股东，需确保分配方案不损害其优先权（如优先分红权）。
     
   • 亏损承担：明确是按出资比例分担，还是约定固定比例（如一方承担60%，另一方40%），避免一方承担全部风险。
     
   • 特殊情形：如合作期间一方提前退出，需约定利润结算方式（如按实际经营时间分割或审计后结算）。

4. 退出机制与清算规则

   • 退出条件：约定触发退出的情形（如合作期满、一方违约、公司破产等），及退出方式（股权转让、公司回购等）。
     
   • 清算顺序：优先偿还债务，剩余资产按协议或股权比例分配。若公司资不抵债，需按《破产法》处理。
     
   • 违约责任：明确一方未按约定出资、挪用资金等行为的赔偿责任，保障另一方权益。

5. 法律风险防范

   • 协议效力：确保协议内容合法（如不违反《公司法》关于股权转让的限制），建议由律师起草或审核。
     
   • 公司人格否认：若资金与公司财务混同，可能被认定为“法人人格否认”，导致股东对公司债务承担连带责任，需严格区分个人与公司财产。
     
   • 税务合规：利润分配需按《税法》缴纳个人所得税或企业所得税，避免偷逃税风险。

建议行动：

1. 签订书面协议，明确上述条款；
   
2. 设立共同账户或委托第三方监管资金；
   
3. 定期对账并保留凭证；
   
4. 遇到纠纷时，优先协商或调解，必要时通过诉讼解决。
   

如有具体合作模式或协议条款需要进一步分析，可直接向我咨询。