协会工作仅由会长和秘书长两人决定，这一做法是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、协会章程与内部规定

1. 章程规定：协会的章程是其组织活动的根本准则。如果章程中明确规定了协会的决策机制，包括决策机构的组成、决策程序等，那么会长和秘书长两人单独决定协会工作是否合法，就取决于这些规定。若章程允许或未明确禁止会长和秘书长在特定情况下单独决策，且他们的决策符合章程的其他要求，那么这种做法可能是合法的。反之，如果章程明确规定了决策需要更多成员参与或遵循特定程序，而会长和秘书长两人却单独决策，那么这种做法就是违法的。
2. 内部规定：除了章程外，协会还可能制定有内部规定或规章制度，对决策机制进行进一步细化。这些规定同样具有约束力，会长和秘书长在决策时需遵守。如果内部规定与章程相冲突，通常应以章程为准，但也可能存在特殊情况，如章程授权内部规定对特定事项进行细化规定。

二、法律法规与监管要求

1. 法律法规：协会作为社会组织，其活动需遵守国家法律法规。如果法律法规对协会的决策机制有明确规定，如要求协会设立理事会、常务理事会等决策机构，并明确规定了这些机构的组成和决策程序，那么会长和秘书长两人单独决策就可能违反法律法规。
2. 监管要求：协会还可能受到相关政府部门的监管。监管部门可能对协会的决策机制、财务管理等方面提出具体要求。如果会长和秘书长两人的决策违反了这些监管要求，那么这种做法也是不合法的。

三、决策内容与性质

1. 日常事务性决策：对于协会的日常事务性决策，如会议安排、活动组织等，如果章程或内部规定未明确要求更多成员参与决策，且会长和秘书长的决策未损害协会或成员的利益，那么这种做法可能是合理的。
2. 重大决策：对于协会的重大决策，如修改章程、选举或罢免负责人、决定重大财务支出等，通常需要更多成员参与决策，以确保决策的公正性和透明度。如果会长和秘书长两人单独决定这些重大事项，且未遵循章程或法律法规规定的程序，那么这种做法就是违法的。

四、法律后果与风险

1. 决策无效：如果会长和秘书长两人的决策违反了章程、法律法规或监管要求，那么这些决策可能被认定为无效。这意味着决策所产生的效果和后果可能不被承认或执行。
2. 法律责任：会长和秘书长作为协会的负责人，如果因违法决策给协会或成员造成损失，可能需要承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

建议：

• 协会应制定完善的章程和内部规定，明确决策机制、决策程序和决策责任，以确保决策的合法性和有效性。
• 会长和秘书长在决策时应严格遵守章程、法律法规和监管要求，确保决策的公正性和透明度。
• 如果协会成员对会长和秘书长的决策有异议或认为决策违法，可以通过合法途径提出质疑或寻求救济，如向协会内部投诉、向相关部门举报或提起诉讼等。

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