违反《城乡规划法》第40条，并不直接导致相关协议违法无效，但可能成为认定协议无效的一个因素，具体需结合协议内容、目的及实际履行情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律条款解读

《城乡规划法》第40条规定，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。这一条款主要规范的是建设行为的规划许可问题，即未经规划许可的建设行为是违法的。

二、协议无效的法定情形

根据《民法典》的相关规定，合同（协议）无效的情形主要包括：

1. 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效；
2. 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效；
3. 违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外；
4. 违背公序良俗的民事法律行为无效；
5. 行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。

三、违反《城乡规划法》第40条与协议无效的关系

1. 直接关联性：单纯违反《城乡规划法》第40条，即未经规划许可进行建设，并不直接等同于相关协议（如建设工程施工合同、房屋买卖合同等）无效。因为该条款主要规范的是建设行为，而非协议行为。

2. 间接影响：然而，如果协议的内容或目的直接涉及未经规划许可的建设行为，且该行为是协议履行的重要部分或目的所在，那么违反《城乡规划法》第40条可能成为认定协议无效的一个因素。例如，如果一份建设工程施工合同明确约定了未经规划许可的建设内容，且该内容是合同履行的主要部分，那么该合同可能因违反法律强制性规定而被认定无效。

3. 综合判断：在判断协议是否因违反《城乡规划法》第40条而无效时，需要综合考虑协议的内容、目的、实际履行情况以及违反法律规定的严重程度等因素。如果协议本身并不直接涉及未经规划许可的建设行为，或者虽然涉及但并非协议履行的主要部分或目的所在，那么协议可能仍然有效。

四、法律建议

1. 审查协议内容：在签订涉及建设行为的协议时，务必仔细审查协议内容，确保不涉及未经规划许可的建设行为。

2. 咨询专业意见：如果对协议的法律效力存在疑问，或者协议内容涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。

3. 遵守法律法规：在履行协议过程中，务必遵守相关法律法规的规定，避免因违法行为而导致协议无效或承担其他法律责任。

如果您有具体的协议或建设行为需要咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。