已备案和未备案合同的效力问题，核心在于判断合同是否满足法律规定的生效要件，以及是否存在特别约定或地方性法规的影响。以下从多个角度进行详细分析：
一般情况下的合同效力
- 已备案合同：备案是行政主管部门对合同进行登记管理的程序，通常不影响合同的民事法律效力。只要合同双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么已备案的合同即具有法律效力。
- 未备案合同：同样地，未备案的合同在满足上述生效要件的情况下，也具有法律效力。备案并非合同生效的必要条件，除非法律、行政法规或双方特别约定将备案作为合同生效的条件。
特殊情况下的合同效力
- 双方特别约定：如果合同双方在合同中明确约定了以备案作为合同生效的条件，那么未备案时合同将不生效。这体现了民法中的意思自治原则，即当事人可以自由地约定合同生效的条件。
- 地方性法规或规章的影响：虽然现行法律、行政法规并未明确规定所有类型的合同都必须经过备案才具有法律效力，但某些地方性法规或规章可能对特定类型的合同（如建设工程施工合同）有备案要求。在这种情况下，未备案的合同可能会因不符合地方规定而影响其效力。不过，这种影响通常局限于行政管理层面，如受到行政处罚等，而不直接导致合同民事法律效力的丧失。
备案的重要性与建议
- 行政管理需要：备案是行政主管部门对合同进行监管的一种方式，有助于维护市场秩序和公平竞争。通过备案，行政主管部门可以及时了解合同签订和履行情况，对违法行为进行查处。
- 减少法律风险：虽然未备案的合同在民事法律上可能仍然有效，但备案可以作为一种证据形式，证明合同的合法性和真实性。在发生纠纷时，备案合同往往更容易被法院或仲裁机构采纳为证据，从而减少法律风险。
- 建议与操作：为了避免可能的行政管理麻烦和潜在的法律风险，建议在实际操作中还是尽量按照相关规定进行合同备案。同时，在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法有效，并咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。
举例说明：
假设甲公司与乙公司签订了一份建设工程施工合同，并进行了备案。后来，双方又签订了一份内容不同的未备案合同。如果双方在备案合同中并未特别约定备案为合同生效的条件，且未备案合同的内容也不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗，那么两份合同在民事法律上均可能具有效力。然而，在发生纠纷时，法院或仲裁机构可能会根据备案合同的内容来判定双方的权利义务关系，因为备案合同通常被视为更真实、更合法的合同形式。
总结与建议：
已备案和未备案合同的效力问题需要根据具体情况进行判断。在一般情况下，只要合同满足法律规定的生效要件，无论是否备案都具有法律效力。然而，为了避免可能的法律风险和行政管理麻烦，建议在实际操作中还是尽量按照相关规定进行合同备案。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和指导。