结论前置：挂靠别人的公司并私底下签订协议时，挂靠人确实需要保留一份协议，这是保护自身权益的重要措施。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、协议保留的法律意义

1. 证据作用：保留一份协议作为书面证据，可以在发生纠纷时，证明挂靠人与被挂靠公司之间的法律关系及双方的权利义务。这是解决争议、维护自身权益的关键依据。
2. 明确权利义务：协议中通常会详细规定挂靠人与被挂靠公司的权利义务，包括挂靠费用、管理方式、责任承担等。保留协议有助于挂靠人清晰了解自己的权益和责任，避免在合作过程中产生误解或纠纷。

二、协议保留的实践建议

1. 确保协议完整性：在签订协议时，挂靠人应确保协议内容完整、明确，无歧义。协议应包含双方的基本信息、挂靠的具体事项、权利义务、违约责任等关键条款。
2. 妥善保管协议：签订协议后，挂靠人应妥善保管协议原件，避免遗失或损坏。同时，建议将协议扫描或拍照留存电子版，以备不时之需。
3. 定期审查协议：随着合作关系的深入，挂靠人应定期审查协议内容，确保协议仍然符合双方的实际需求和法律规定。如需修改或补充协议，应及时与被挂靠公司协商并签订书面补充协议。

三、不保留协议可能面临的法律风险

1. 举证困难：在发生纠纷时，如果挂靠人无法提供协议作为证据，可能会面临举证困难的问题。这可能导致挂靠人无法有效维护自己的权益，甚至承担不必要的法律责任。
2. 权益受损：没有协议作为依据，挂靠人在与被挂靠公司的合作中可能处于弱势地位。一旦发生纠纷或争议，挂靠人可能难以证明自己的权益和责任，从而遭受经济损失。

四、特殊情况下的协议保留

1. 口头协议：如果挂靠人与被挂靠公司之间仅达成口头协议，没有签订书面协议，那么挂靠人应尽可能通过其他方式（如聊天记录、邮件往来等）来证明双方之间的法律关系及权利义务。然而，口头协议的证明力相对较弱，因此建议挂靠人尽量与被挂靠公司签订书面协议。
2. 协议变更或解除：在合作过程中，如果双方对协议内容进行了变更或解除，挂靠人应确保这些变更或解除行为以书面形式进行，并保留相关证据。这有助于避免在后续合作中产生不必要的纠纷。

总结与建议：挂靠别人的公司并私底下签订协议时，挂靠人务必保留一份协议原件，并妥善保管。同时，建议定期审查协议内容，确保协议仍然符合双方的实际需求和法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。