违约金每天千分之三是否合法，并没有一个绝对的答案，而是需要结合具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同自由原则与违约金约定

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权在合同中约定一方违约时应当支付的违约金数额或计算方法。这意味着，只要双方自愿并在合同中明确约定了违约金的计算方式（如每天千分之三），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定在形式上是有效的。

2. 违约金的合法性审查

   • 尽管合同自由原则允许当事人约定违约金，但违约金的约定并非完全不受限制。如果约定的违约金过分高于实际造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这是为了防止违约金成为不当得利或惩罚性赔偿，确保违约金的合理性。
   • 对于违约金是否过高的判断，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素，包括实际损失、合同履行情况、当事人的过错程度等。因此，即使合同中约定了每天千分之三的违约金，如果其明显高于实际损失，也可能被法院或仲裁机构调整。

3. 特殊合同类型的限制

   • 在某些特定类型的合同中，如金融借款合同、民间借贷合同等，法律对违约金的收取有更为严格的限制。例如，在民间借贷合同中，违约金、利息以及其他相关费用的总和不得超过合同签订之日起一年内同期贷款市场报价利率的四倍。如果每天千分之三的违约金换算成年化利率后超过了这一上限，那么该约定可能被视为违法而无效。

4. 实践中的建议

   • 在签订合同时，双方当事人应谨慎约定违约金的数额或计算方法。建议根据违约可能造成的损失和对方的承受能力来合理约定违约金比例，避免约定过高导致合同显失公平或被法院调整。
   • 如果发生违约纠纷，当事人应保留好相关证据（如合同、违约通知、损失证明等），以便在诉讼或仲裁中维护自己的合法权益。
   • 对于违约金的具体数额或计算方法有疑问时，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供有针对性的法律建议。

举例说明： 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果乙方逾期交货，需按每天千分之三的比例向甲方支付违约金。如果乙方确实逾期交货，且甲方因此遭受了实际损失（如生产停滞、客户流失等），那么乙方应按照合同约定支付违约金。但如果甲方主张的违约金明显高于其实际损失，且乙方提出调整请求，法院或仲裁机构可能会根据具体情况对违约金进行适当减少。

总结：违约金每天千分之三是否合法，取决于双方当事人的约定、法律规定以及具体案件情况。在签订合同时，建议双方当事人充分考虑违约金的合理性，并确保其符合相关法律法规的规定。如果发生违约纠纷，应及时咨询并寻求法律帮助。