结论：在签订合作协议且对方开具电子普票时，协议里建议写明合同总价、不含税金额和税额，以下从不同角度进行分析：
- 从税务合规角度
- 明确写明这些内容有助于双方清晰界定交易金额的构成，符合税务机关对于发票开具和交易记录的要求。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，发票的开具应当真实反映交易内容，包括金额等关键信息。在协议中详细约定不含税金额和税额，能够确保发票的开具与协议约定一致，避免因金额不明确而引发的税务风险，如被认定为虚开发票等违法行为。
- 例如，如果协议中只约定了合同总价，没有明确不含税金额和税额，在开具发票时，双方可能对税率适用、税额计算等问题产生争议，导致发票开具不符合规定，进而面临税务机关的处罚。
- 从财务核算角度
- 对于企业而言，准确的财务核算至关重要。在协议中明确合同总价、不含税金额和税额，有利于企业进行正确的账务处理。企业可以根据不含税金额计入收入或成本，按照税额进行增值税的申报和缴纳，保证财务数据的准确性和真实性。
- 假如协议未明确这些金额，财务人员在核算时可能需要额外与对方沟通确认，增加了工作成本和出错的可能性。而且，如果因金额不明确导致财务核算错误，还可能影响企业的财务报表和税务申报，给企业带来不必要的麻烦。
- 从合同履行和纠纷解决角度
- 详细约定这些金额条款可以避免双方在合同履行过程中对交易金额产生歧义。一旦发生纠纷，明确的协议条款可以作为解决争议的重要依据，减少双方在金额认定上的争议，提高纠纷解决的效率。
- 比如，在合同履行过程中，一方可能认为对方未按照约定金额履行义务，如果没有在协议中明确不含税金额和税额，双方可能对合同总价的构成理解不同，难以确定对方是否违约以及违约责任的承担。而有了明确的约定，就可以依据协议条款进行判断和处理。