在食品安全案中，违法所得是否扣除成本，需根据违法行为的性质、环节及具体法律法规规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、总体原则与计算方法
违法所得是指食品生产经营者在违反食品安全法律法规和规章的禁止性规定下所取得的全部经营收入或利润。在计算违法所得时，一般应扣除食品生产经营过程中的合理成本，如进货成本、必要的运输费和仓储费等。但违法支出（如为逃避监管而行贿的费用）不得扣除。若违法者无法提供具体证据来确定其成本，相关部门将依据该行业的通常成本进行计算。
二、不同环节的具体计算方法
食品生产环节：
- 通常采取“获利说”，即违法所得为获取的利润。具体计算方法为销售收入减去成本（包括购进原料、支付工人工资等与生产直接相关的合理费用）。例如，某食品厂用劣质原料生产饼干，销售金额为10万元，购买原料花费3万元，支付工人工资2万元，则该厂的违法所得为5万元（\(10 - 3 - 2 = 5\)万元）。
食品流通环节：
- 也倾向于“获利说”，具体计算方法为销售收入减去成本（包括购进价格和已交税金）。例如，超市销售过期饮料，销售收入为8000元，购进这批饮料花费了4000元，那么超市的违法所得为4000元（\(8000 - 4000 = 4000\)元）。
餐饮服务环节：
- 采取“全部说”，即违法所得为违反规定从事餐饮服务活动所取得的相关营业收入，不考虑成本扣除。例如，一家火锅店在火锅底料中添加罂粟壳吸引顾客，当天因该特色锅底增加的营业额为5000元，这5000元即为违法所得（不考虑难以明确区分的其他成本因素）。
三、特殊情况的处理
退货退款：
- 如果产品已售出但存在退货退款情况，退货部分对应的款项应从违法所得中予以扣除。例如，商家销售问题食品后，消费者退货退款的金额不计入违法所得。
无法准确计算时：
- 在某些情况下，可能由于账目不清等原因导致违法所得无法准确计算。此时，执法部门可以根据实际情况，参考同类产品的平均利润、市场价格等因素进行综合判定。例如，一些小作坊生产的食品没有完整的财务记录，执法人员可以通过调查周边类似小作坊的平均利润率，结合其销售量来估算违法所得。
多次违法行为：
- 如果当事人存在多次食品安全违法行为，每次违法行为的违法所得应分别计算，然后累计作为总的违法所得进行处罚。例如，某商家在不同时间段分别销售了不同批次的不合格食品，需要将每批次食品的违法所得分别算出后相加。
四、法律意义与实践指导
准确计算违法所得对于公正、合理地实施行政处罚至关重要。它有助于准确认定食品安全违法行为的情节轻重，确保处罚的公正性和合理性，维护市场秩序和消费者权益。在实际操作中，执法人员应根据违法行为的性质、环节及具体法律法规规定，选择合适的计算方法，并充分考虑特殊情形的影响。
总结来说，食品安全案中违法所得是否扣除成本，需根据具体情况来判断。如果您在食品安全领域遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。