在仲裁案中，将未经质证的证据推定事实是不符合法律程序的，原则上不能直接作为认定案件事实的依据。不过，若存在特殊情况或程序瑕疵被补正，可能会产生不同的法律后果，以下分情况说明：

1. 一般原则：未经质证的证据不得作为认定事实的依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关仲裁规则，仲裁庭在审理案件时，应当充分听取双方当事人的陈述和辩论，对双方提交的证据进行质证。未经质证的证据，其真实性、合法性和关联性均未得到确认，因此原则上不得作为认定案件事实的依据。这是为了保障当事人的诉讼权利，确保仲裁结果的公正性和准确性。

1. 特殊情况：程序瑕疵被补正或证据被采纳的例外

   • 程序瑕疵被补正：如果在仲裁过程中，虽然证据未经正式质证，但双方当事人在仲裁庭的引导下，已经对该证据进行了充分的讨论和辩论，或者仲裁庭认为该证据对案件事实认定具有关键作用，且双方当事人均有机会对该证据发表意见，那么仲裁庭可能会在补正程序瑕疵后，将该证据作为认定事实的依据。但这种情况较为罕见，且需要严格的程序保障。
   • 证据被采纳的例外：在某些特殊情况下，如证据属于众所周知的事实、自然规律及定理、根据法律规定或者已知事实和日常生活经验法则能推定出的另一事实等，仲裁庭可能会直接采纳这些证据，而无需进行质证。但这种情况同样需要严格的法律适用和事实认定。

2. 法律后果：未经质证证据被推定事实的应对策略

   • 申请撤销仲裁裁决：如果当事人认为仲裁庭将未经质证的证据作为认定事实的依据，违反了法定程序，导致仲裁裁决不公正，那么当事人可以在收到仲裁裁决书之日起一定期限内（如三十日内），向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销仲裁裁决。
   • 在诉讼中提出异议：如果仲裁裁决被法院裁定不予撤销，但当事人在后续的诉讼中（如执行阶段或相关诉讼中）发现该问题，仍然可以向法院提出异议，要求法院对仲裁裁决的合法性进行审查。

3. 实际操作建议

   • 及时提出质证要求：在仲裁过程中，当事人应当密切关注对方提交的证据，并及时提出质证要求。如果发现对方提交了未经质证的证据，应当立即向仲裁庭提出异议，要求仲裁庭组织质证。
   • 保留相关证据和记录：当事人应当妥善保管与案件相关的所有证据和记录，包括仲裁庭的开庭笔录、质证记录等。这些证据和记录在后续的申请撤销仲裁裁决或提出异议时，将起到至关重要的作用。
   • 寻求专业法律帮助：如果当事人对仲裁程序或仲裁裁决存在疑问或不满，建议及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据当事人的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。

总结来说，在仲裁案中，将未经质证的证据推定事实是不符合法律程序的。当事人应当密切关注仲裁过程中的证据质证环节，及时提出异议并保留相关证据和记录。如果出现问题，可以依法申请撤销仲裁裁决或在诉讼中提出异议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。