结论：公司员工吃回扣并将款项打入妻子账户，这一行为可能对妻子产生多方面的影响，包括法律责任、信用记录受损以及家庭关系紧张等。具体影响取决于妻子是否知情、是否参与以及款项的性质和用途等因素。
详细分析：
法律责任：
- 如果妻子知情并参与：若妻子明知员工吃回扣的行为，并积极参与其中，如提供账户、协助转移资金等，那么她可能构成共同犯罪，需要承担相应的刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪，妻子可能因共犯身份而面临刑罚。
- 如果妻子不知情：若妻子对员工吃回扣的行为一无所知，且款项打入其账户是出于员工单方面的行为，那么妻子通常不需要承担刑事责任。但是，如果妻子在发现款项后未及时报告或采取其他措施，可能在一定程度上影响其法律责任的认定，但这种情况下的责任通常较轻。
信用记录受损：
- 无论妻子是否知情或参与，如果员工吃回扣的行为被揭露，并导致公司或相关方遭受损失，妻子作为账户持有人，其信用记录可能会受到影响。特别是在金融领域，如银行、贷款机构等，可能会将此类事件视为不良记录，影响妻子的未来贷款、信用卡申请等金融活动。
家庭关系紧张：
- 此类事件往往会对家庭关系产生负面影响。如果妻子被卷入其中，无论是否知情，都可能导致家庭成员之间的信任破裂，引发争吵、矛盾甚至离婚等后果。此外，如果妻子因此承担法律责任或信用受损，还可能对家庭的经济状况和生活质量产生长远影响。
建议：
- 及时沟通：如果妻子发现账户中有不明来源的款项，应立即与员工沟通，了解款项的来源和用途，并考虑是否报告给相关部门。
- 保留证据：妻子应保留所有与款项相关的证据，如银行转账记录、聊天记录等，以备不时之需。
- 咨询律师：鉴于此类事件的复杂性和潜在的法律后果，妻子应尽快咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律责任。
后续行动：
- 如果妻子决定报告此事，应向公司管理层或相关部门如实陈述情况，并提供相关证据。
- 如果妻子面临法律诉讼或调查，应积极配合律师的工作，提供必要的协助和信息。
总之，公司员工吃回扣并将款项打入妻子账户是一个复杂且敏感的问题，妻子应谨慎处理，并及时咨询专业律师以获取法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。