单位指控员工违法，在劳动仲裁或法律程序中确实存在时效限制。这一时效限制主要依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，具体分析如下：

1. 一般时效规定：

   • 根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这意味着，如果单位认为员工存在违法行为，并希望通过劳动仲裁来解决问题，那么单位需要在知道或应当知道员工违法行为之日起一年内提出仲裁申请。

2. 时效期间的起算点：

   • 时效期间通常从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。在劳动争议中，这通常指的是单位知道或应当知道员工存在违法行为的那一天。例如，如果员工在某日违反了公司的规章制度，而单位在之后的一段时间内发现了这一行为，那么时效期间就从单位发现该行为之日起计算。

3. 特殊情况下的时效延长：

   • 在某些特殊情况下，如劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但是，这一特殊规定主要适用于劳动者追讨劳动报酬的情形，并不直接适用于单位指控员工违法的所有情况。不过，如果单位指控的违法行为与劳动报酬相关（如员工通过违法手段获取额外报酬），则可能受到这一特殊规定的影响。
   • 此外，如果因不可抗力或其他正当理由导致当事人不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

4. 超过时效的法律后果：

   • 如果单位未能在规定的时效期间内提出仲裁申请，那么其仲裁请求可能会被仲裁机构驳回。这意味着，单位将失去通过劳动仲裁来解决争议的机会，除非存在时效中止或中断的法定情形。

建议：

• 对于单位而言，如果发现员工存在违法行为，应及时收集证据并准备仲裁申请，以确保在时效期间内提出。
• 对于员工而言，如果收到单位的仲裁通知或指控，应仔细审查时效问题，并考虑是否提出时效抗辩。
• 无论是单位还是员工，在处理劳动争议时，都应咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

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