结论：双方签订未备案未经批准的土地承包合同书，是否需要赔偿违约金，需根据合同效力、违约情形及法律规定综合判断，具体分析如下：

一、合同效力对违约金赔偿的影响

1. 合同无效情形：

   • 根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。若土地承包合同因未备案或未经批准而违反了法律、行政法规的强制性规定（如《农村土地承包法》中关于承包程序的规定），则合同可能被认定为无效。
   • 法律后果：合同无效后，自始没有法律约束力，因此合同中约定的违约金条款也无效，违约方无需支付违约金。但需注意，若因合同无效给对方造成损失，有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失。

2. 合同有效情形：

   • 若土地承包合同虽未备案或未经批准，但并未违反法律、行政法规的强制性规定，或者属于可补办手续的情形，且双方已实际履行合同，则合同可能被认定为有效。
   • 法律后果：合同有效时，违约方需按照合同约定承担违约责任，包括支付违约金。但违约金的数额需合理，若过高或过低，法院或仲裁机构可根据当事人的请求予以调整。

二、违约情形对违约金赔偿的影响

1. 根本违约：

   • 若一方根本违反合同，导致合同目的无法实现，另一方有权解除合同，并要求违约方支付违约金（若合同有效且约定了违约金）。

2. 非根本违约：

   • 若一方虽违约，但并未导致合同目的无法实现，另一方有权要求违约方承担违约责任，包括支付违约金（若合同有效且约定了违约金），但赔偿范围可能限于实际损失。

三、法律规定对违约金赔偿的约束

1. 违约金调整规则：

   • 根据《民法典》第五百八十五条，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 实际损失赔偿原则：

   • 无论合同是否有效，违约方均需赔偿对方因违约所遭受的实际损失（在合同有效时，若违约金不足以弥补损失，可要求增加；在合同无效时，直接按实际损失赔偿）。

四、具体建议

1. 审查合同效力：

   • 首先审查土地承包合同是否因未备案或未经批准而无效。若无效，则无需支付违约金，但需考虑赔偿对方实际损失。

2. 评估违约情形：

   • 评估违约是否导致合同目的无法实现，以确定是否构成根本违约。

3. 协商与诉讼：

   • 双方可尝试协商解决纠纷，若协商不成，可向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据合同效力、违约情形及法律规定判决或裁决是否需支付违约金及赔偿数额。

总结：双方签订未备案未经批准的土地承包合同书，是否需要赔偿违约金，需根据合同效力、违约情形及法律规定综合判断。若合同无效，则无需支付违约金（但需赔偿实际损失）；若合同有效且存在违约情形，则需按合同约定支付违约金（但数额需合理，且可调整）。如有具体法律问题，可直接向我咨询。