关于未经大队备案、未经政府批准的土地承包合同是否要赔偿违约金的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
一、合同效力角度
合同无效情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。如果土地承包合同未经大队备案且未经政府批准，且这一行为违反了法律、行政法规的强制性规定（如未经批准不得擅自承包农村土地等），那么该合同可能被视为无效合同。
- 在合同无效的情况下，双方约定的违约金条款也通常会被视为无效，因为违约金条款是合同的一部分，合同无效则其附属条款也无效。因此，在这种情况下，一方通常无需向另一方支付违约金。
合同效力待定或可撤销情形：
- 如果合同虽然未经备案和批准，但并未违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在其他使合同效力待定或可撤销的情形（如一方以欺诈、胁迫手段订立合同等），那么合同的效力将取决于后续的法律行为（如追认、撤销等）。
- 在这种情况下，如果合同最终被认定为有效，且一方存在违约行为，那么违约方可能需要按照合同约定向另一方支付违约金。
二、违约行为及后果角度
违约行为的存在：
- 无论合同是否经过备案和批准，如果一方存在违约行为（如未按约定支付承包费、未按约定使用土地等），且该违约行为给另一方造成了损失，那么违约方通常需要承担违约责任。
- 违约责任的形式可能包括支付违约金、赔偿损失等。因此，如果合同中约定了违约金条款，且违约行为符合违约金支付的条件，那么违约方可能需要支付违约金。
违约金的合理性：
- 即使合同中约定了违约金条款，违约金的数额也应当合理。如果违约金数额过高或过低，一方可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
- 在判断违约金是否合理时，人民法院或仲裁机构通常会考虑违约行为的性质、程度、给对方造成的损失等因素。
三、实际操作建议
审查合同内容：
- 首先，你需要仔细审查土地承包合同的内容，特别是关于备案、批准和违约金条款的约定。如果合同中明确规定了未经备案和批准则合同无效或违约金无效等条款，那么这些条款将具有约束力。
咨询相关部门：
- 如果你对合同的效力或违约金的支付存在疑问，可以咨询当地的大队或政府相关部门（如农业农村局等），了解土地承包的具体政策和规定。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就违约金的支付达成一致意见，或者你认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
综上所述，未经大队备案、未经政府批准的土地承包合同是否要赔偿违约金，取决于合同的效力、违约行为的存在以及违约金的合理性等多个因素。如果你面临这样的问题，建议你先审查合同内容、咨询相关部门，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。