当法院立案后发现公司被注销，这确实是一个涉及法律程序和责任认定的重要问题。以下是我为您详细梳理的法院在此情况下的处理方式及法律依据：
一、公司注销后的法律状态
公司注销后，其法人资格即告终止，这意味着公司不再具备诉讼主体资格。然而，这并不意味着与该公司相关的法律责任也随之消失，特别是当注销行为存在瑕疵或未依法清算时。
二、法院的具体处理方式
中止诉讼与审查注销情况
- 法院在发现公司注销后，首先会中止正在进行的诉讼程序。
- 随后，法院会详细审查公司的注销登记档案和清算报告，以确定公司是否依法进行了清算。
确定诉讼主体
若公司未经依法清算即注销：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，法院通常会将公司的股东、发起人或者出资人作为当事人继续参与诉讼。
- 这些人员可能需对公司债务承担清偿责任，因为他们的行为导致了公司未依法清算即注销，从而损害了债权人的利益。
若公司已依法清算并注销：
- 原则上，公司的债务被视为已处理完毕。
- 但若存在未了结的债务或纠纷，且清算程序存在瑕疵，法院可能会将从公司取得清算资产的股东视为诉讼主体，要求其承担相应的法律责任。
恢复诉讼并作出裁决
- 在确定新的诉讼主体后，法院会恢复诉讼程序。
- 双方需在庭审中就案件事实和法律适用进行辩论。
- 法院会根据审理结果和现有证据材料，依法作出裁决。
三、特殊情况的处理
- 恶意逃避债务或非法注销：
- 若公司存在恶意逃避债务或非法注销的行为，如伪造清算报告、隐瞒债务等，相关责任人将承担更严重的法律责任。
- 法院可能会撤销该注销登记，并责令公司恢复原状，以便进行后续的法律程序。
- 同时，相关责任人还可能面临行政处罚或刑事责任。
四、对原告的建议
- 积极配合法院：提供与被告公司及其股东等相关主体有关的证据和线索，以便法院能够准确审查注销情况并确定诉讼主体。
- 追加被告：若发现公司未经依法清算即注销，可以尝试追加公司的股东、清算组或实际控制人为共同被告，以确保自己的合法权益得到维护。
- 寻求法律援助：考虑聘请律师提供专业指导，以便更好地应对诉讼过程中的复杂问题。
五、案例分析
未经依法清算即注销的案例：
- 假设公司尚欠债权人货款100万元，但股东在未依法清算的情况下注销了公司。债权人起诉股东后，法院若查明股东存在未依法清算导致公司债务无法清偿的情形，可能判决股东向债权人支付100万元货款及相应利息。
已依法清算但存在瑕疵的案例：
- 若公司清算程序存在一些小的瑕疵，但不影响债务的实际处理和债权人权益，法院可能会要求相关清算人员进行说明或补充完善相关材料。若最终能够证明公司注销前已妥善处理债务，法院会驳回债权人不合理的诉求；若瑕疵影响到债务处理认定，法院会进一步审查相关责任人的责任。
综上所述，立案后公司注销的处理方式是一个复杂且细致的过程，需要法院根据具体案件情况和相关法律法规进行综合判断和处理。在此过程中，确保诉讼的顺利进行和保护相关当事人的合法权益是法院的首要任务。作为原告，您应积极配合法院的调查和审理工作，并根据具体情况采取适当的策略来维护自己的合法权益。