结论：在分期给付债务中，债权人主张第三年款项时，前两年的诉讼时效是否中断，取决于债权人是否在前两年内采取了有效的中断诉讼时效的行为。若采取了，则前两年的诉讼时效会中断；若未采取，则前两年的诉讼时效不会因第三年的主张而中断。
分析说明：
诉讼时效中断的定义：
- 诉讼时效中断是指在诉讼时效期间内，因发生法定事由，致使已经经过的时效期间统归无效，待时效中断的事由消除后，诉讼时效期间重新计算。
分期给付债务中诉讼时效的计算：
- 在分期给付债务中，每一期债务的诉讼时效通常是独立计算的。即，每一期债务的诉讼时效期间从该期债务履行期限届满之日起计算。
债权人主张权利对诉讼时效的影响：
- 债权人主张权利是诉讼时效中断的法定事由之一。若债权人在诉讼时效期间内向债务人主张权利，则诉讼时效中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
- 在分期给付债务中，若债权人仅主张第三年的款项，而未在前两年内主张前两年的款项，且没有其他中断诉讼时效的行为（如债务人同意履行、提起诉讼或申请仲裁等），则前两年的诉讼时效不会因第三年的主张而中断。
可能的中断情形：
- 若债权人在前两年内通过书面形式、口头形式或其他方式向债务人主张了前两年的款项，且该主张行为能够被证明（如通过邮件、短信、录音、证人证言等），则前两年的诉讼时效会因该主张行为而中断。
- 若债务人在前两年内明确表示同意履行前两年的债务，或债权人就前两年的债务提起了诉讼或申请了仲裁，则前两年的诉讼时效也会中断。
法律建议：
- 作为债权人，在分期给付债务中，为了确保每一期债务的诉讼时效都能得到有效保护，建议在前两年的债务履行期限届满后，及时向债务人主张权利，并保留好主张权利的证据（如书面催款通知、邮件、短信、录音等）。
- 若债务人未履行前两年的债务，且债权人未在前两年内主张权利，则债权人仍可在第三年主张权利时，同时就前两年的债务提起诉讼或申请仲裁，但需注意此时前两年的债务可能已超过诉讼时效（除非存在其他中断诉讼时效的情形），存在败诉风险。因此，及时主张权利至关重要。
特殊情形说明：
- 若分期给付债务的各期债务之间存在关联关系（如同一合同项下的分期付款），且合同中约定了整体履行期限或整体诉讼时效的，则可能视为一个整体债务，诉讼时效的计算和中断可能有所不同。但这种情况较为特殊，需根据具体合同条款和法律规定进行判断。