贷款逾期90天以上时，本金与利息的清收顺序通常遵循“先息后本”原则，但具体执行需结合合同约定、法律规定及司法实践综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同约定优先
   若贷款合同中明确约定了逾期90天后的清收顺序（如“逾期超过90天，先收本金后收利息”或“利息与本金按比例同步清收”），则双方应按合同履行。此类约定属于意思自治范畴，法院通常予以尊重，但需注意：

   • 约定不得违反法律强制性规定（如《民法典》第670条禁止高利贷）；
     
   • 约定需明确具体，避免模糊表述导致争议。

2. 法定“先息后本”原则
   若合同未约定或约定不明，根据《民法典》及相关司法解释，逾期90天以上的清收顺序一般遵循：

   • 先清偿利息（含逾期利息、罚息）：利息属于债权人因债务人违约产生的损失，法律优先保护其受偿权；
     
   • 再清偿本金：本金是债务的基础，利息清偿后剩余款项用于抵扣本金。
     例外情形：若债务人明确表示或行为表明其仅愿偿还本金，或债权人同意调整顺序，可突破法定原则。

3. 司法实践中的特殊规则

   • 破产清算程序：根据《企业破产法》，破产财产分配时，职工工资、税费等优先于普通债权（包括贷款本金及利息），此时清收顺序需按破产法规定执行；
     
   • 个人破产制度试点地区：如深圳等地试点个人破产，债务人进入破产程序后，本金与利息的清偿可能受破产方案调整；
     
   • 金融监管政策影响：部分银行或监管机构可能要求对逾期贷款采取“本金优先”策略以降低风险，但需以合同约定或债权人同意为前提。

4. 操作建议

   • 对债权人：在合同中明确约定逾期清收顺序，并保留催收记录、债务人承诺等证据；
     
   • 对债务人：逾期后主动与债权人协商还款方案，避免因顺序争议导致额外损失；
     
   • 争议解决：若双方对清收顺序有争议，可申请法院或仲裁机构根据合同、法律及公平原则裁决。

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