在交通事故中，即使双方当事人已经达成了赔偿协议，被保险人仍然有权向保险公司进行索赔，这一行为是合法且符合相关法律法规规定的。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与合法性
《中华人民共和国保险法》：
- 根据《保险法》第十二条，被保险人在发生保险合同约定的保险事故后，有权按照合同约定向保险公司请求赔偿保险金。这一权利并不因与事故对方达成协议而丧失。
- 《保险法》第二十三条规定，保险人收到赔偿请求后，应及时作出核定，并履行赔偿义务。若拒绝履行，需承担违约责任。
《中华人民共和国民法典》：
- 保险合同是投保人与保险人之间的协议，当被保险人发生符合合同约定的交通事故时，保险公司应履行赔付义务。若拒绝履行，可要求其承担违约责任（《民法典》第五百七十七条）。
- 《民法典》第一千二百一十三条明确了机动车交通事故的赔偿顺序，首先由承保机动车强制保险的保险人赔偿，不足部分由商业保险按约定赔偿，仍不足则由侵权人赔偿。这为车主在赔偿后向保险公司追偿提供了依据。
《中华人民共和国道路交通安全法》：
- 《道路交通安全法》第七十六条规定，机动车发生交通事故造成损害，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。
二、赔偿协议与保险索赔的关系
- 交通事故中，当事人之间达成的赔偿协议是基于侵权责任产生的民事约定，而向保险公司索赔是基于保险合同关系。两者属于不同的法律关系，互不影响。
- 赔偿协议的达成并不意味着被保险人放弃了向保险公司索赔的权利。只要事故属于保险责任范围，并符合理赔条件，被保险人仍然有权向保险公司提出索赔要求。
三、索赔范围和条件
- 被保险人向保险公司索赔时，需确保事故属于保险责任范围，并符合理赔条件。例如，事故需发生在保险有效期内，且肇事车辆已投保相关保险（如交强险、商业三者险）。
- 被保险人需提供充分的证据材料，如交通事故责任认定书、医疗费用发票、维修清单等，以证明事故的真实性和损失的合理性。
四、注意事项
- 赔偿协议应明确、具体，并符合法律法规规定。若保险公司对赔偿协议有异议，可能需要通过法律途径解决争议。
- 在索赔过程中，被保险人应遵守相关法律法规，如实提供证据材料，不得隐瞒或虚构事实。
五、特殊情况处理
- 若肇事车辆未投保相关保险或存在保险免责情形（如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶等），被保险人可能无法直接要求保险公司赔偿。此时，被保险人只能向肇事方主张赔偿。
- 若保险公司拒绝赔偿或双方对赔偿金额存在争议，被保险人可通过法律途径维护权益，包括向法院提起诉讼或申请仲裁。
综上所述，交通事故中赔偿协议可以作为向保险公司索赔的参考依据之一，但具体能否成功理赔以及理赔金额需根据保险合同、相关法律法规及具体情况确定。被保险人在索赔过程中应遵守相关法律法规，提供充分的证据材料，并确保赔偿协议的明确性与合法性。