还款后，仲裁程序可通过以下方式终止，具体取决于案件进展和双方协商情况：

1. 双方达成和解并撤回仲裁申请
   若债务人已全额还款，双方可签订书面和解协议，明确还款事实及纠纷解决结果。债权人可向仲裁机构提交《撤回仲裁申请书》，仲裁庭审查后出具《终止仲裁决定书》，程序即告终止。此方式成本低、效率高，但需注意和解协议需明确无其他争议，避免后续纠纷。

2. 仲裁庭根据还款事实裁决终止程序
   若债权人未撤诉，但债务人已履行还款义务，仲裁庭可依职权审查还款证据（如转账记录、收条等）。若证据充分，仲裁庭会直接裁决驳回申请人请求或终止仲裁程序，并出具《仲裁裁决书》或《终止仲裁通知书》。此方式具有强制执行力，但需经历完整仲裁流程，时间成本较高。

3. 特殊情形：债权人接受部分还款后终止
   若双方约定分期还款且债务人已按约履行部分还款，债权人可能同意终止剩余仲裁程序。此时需签订补充协议，明确剩余债务处理方式（如放弃追索或继续仲裁），并提交仲裁庭备案。若未达成一致，仲裁程序将继续进行，直至全部争议解决。

关键提醒：

• 终止程序前，务必保留还款凭证（如银行流水、签收单等），以证明债务已清偿；
  
• 若涉及担保或抵押，需同步办理注销手续，避免后续风险；
  
• 终止仲裁程序后，仲裁机构不再受理同一纠纷的重复申请，但若发现新证据或新争议，可另行主张权利。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。