结论概述：在故意开车撞人导致车辆被没收的情况下，车主的损失处理需依据具体情形，包括车辆来源、车主是否参与犯罪行为以及车辆是否属于犯罪工具等因素来综合判断。以下是对此问题的详细分析。
一、车辆来源与车主责任
车辆为车主合法所有：
- 若车辆为车主合法购买并登记在其名下，且车主未直接参与故意撞人的犯罪行为，但车辆被用作犯罪工具，根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。在此情况下，车辆作为犯罪工具，有可能被依法没收。
- 车主因车辆被没收而遭受的损失，原则上需通过刑事附带民事诉讼或另行提起民事诉讼，向犯罪行为人（即实际驾驶者）追偿。车主需证明其损失与犯罪行为之间的因果关系，以及损失的具体数额。
车辆为租赁、借用或盗用：
- 若车辆为租赁、借用或盗用，车主在未参与犯罪行为且对犯罪行为不知情的情况下，车辆被没收后，车主可依据租赁合同、借用协议或报警记录等证据，向实际使用人或犯罪行为人追偿因车辆被没收而产生的损失。
- 若车主对车辆被用于犯罪行为存在过错（如明知借用者可能用于犯罪仍出借），则车主可能需承担一定的法律责任，包括但不限于赔偿因车辆被没收而给第三方造成的损失。
二、车主是否参与犯罪行为
车主未参与犯罪行为：
- 如前所述，车主可通过法律途径向犯罪行为人追偿损失。同时，车主可积极配合司法机关调查，提供车辆来源、使用情况等证据，以证明自身清白，减少不必要的法律纠纷。
车主参与犯罪行为：
- 若车主直接参与故意撞人的犯罪行为，则车主不仅需承担刑事责任，还可能面临民事赔偿。在此情况下，车辆被没收是法律对犯罪行为的制裁之一，车主无权要求赔偿因车辆被没收而产生的损失。
三、车辆没收后的法律程序
- 车辆被没收后，司法机关将依法进行处置，如拍卖、变卖等，所得款项将用于赔偿被害人损失或上缴国库。
- 车主若对车辆没收决定不服，可依法提出申诉或申请复议，但需在法定期限内提出，并提交相关证据证明车辆不应被没收。
四、建议与总结
- 车主应积极配合司法机关调查，提供真实、完整的证据材料，以证明自身清白或减轻法律责任。
- 车主在车辆被没收后，应及时咨询专业律师，了解自身权利义务，制定合理的追偿策略。
- 车主在未来的车辆使用、出借或租赁过程中，应更加谨慎，确保车辆不被用于非法活动，以避免不必要的法律风险。
综上所述，故意开车撞人导致车辆被没收的情况下，车主的损失处理需根据车辆来源、车主是否参与犯罪行为以及车辆是否属于犯罪工具等因素来综合判断。车主应积极配合司法机关调查，依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。