在行政诉讼中，若诉讼时效已过，法院的处理方式主要取决于被告是否提出时效抗辩，具体分为以下两种情况：
被告未提出时效抗辩：
- 在诉讼过程中，如果被告没有就诉讼时效问题提出抗辩，法院通常不会主动审查并适用诉讼时效规定进行裁判。此时，案件将按照正常程序进行审理，法院会依据双方提供的证据和相关法律规定，对行政行为的合法性等争议焦点进行审查，并依法作出判决。这意味着，即使诉讼时效已过，只要被告不提出抗辩，原告仍有可能获得胜诉判决。
被告提出时效抗辩：
- 一旦被告提出原告的起诉已超过法定诉讼时效期间的抗辩，法院将对此进行仔细审查。审查内容包括核对相关时间节点，判断是否存在诉讼时效中止、中断等法定情形。
- 若经审查确认原告的起诉确实超过了法定的诉讼时效，且不存在法定中止、中断情形：法院将裁定驳回原告的起诉。这是因为超过诉讼时效意味着原告丧失了通过诉讼程序获得司法救济的胜诉权，但并未丧失起诉权，因此用裁定驳回起诉而非判决驳回诉讼请求。
- 若原告能证明存在耽误起诉期限的正当理由：如因不可抗力或其他不属于原告自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。或者因其他特殊情况耽误起诉期限，原告在障碍消除后十日内申请延长期限，且法院准许的，案件将继续进行实体审理。
特殊情况处理与法律依据：
- 特殊情况：如果存在特殊情况导致超过诉讼时效是合理的，例如因不可抗力或其他不属于原告自身原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。此外，因其他特殊情况耽误起诉期限的，原告可以在障碍消除后十日内申请延长期限，是否准许由人民法院决定。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十八条的规定，公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。同时，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第六十九条也明确规定了超过法定起诉期限且无行政诉讼法第四十八条规定情形的，应当裁定驳回起诉。
对当事人的建议：
- 及时了解并遵守时效规定：当事人在提起行政诉讼时，务必注意时效问题，以免因超过时效而丧失胜诉权。
- 准备充分证据：在面临时效问题时，应充分准备证据以证明是否存在耽误起诉期限的正当理由，从而维护自己的合法权益。
- 寻求专业法律帮助：由于行政诉讼时效问题涉及复杂的法律条款和司法实践，当事人在面临此类问题时，应积极寻求专业法律帮助，以确保自己的权益得到有效维护。
总结：行政诉讼时效是行政诉讼制度中的重要组成部分，它旨在督促当事人及时行使权利，维护行政法律关系的稳定和行政管理秩序。因此，当事人在提起行政诉讼时，务必严格遵守时效规定，并在必要时及时向法院提出申请或寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。