如果对方在起诉法院进行亲子鉴定时不配合，处理方式确实需要根据具体的法律场景来灵活应对。以下是一些详细且具有深度的建议，希望能帮助您有效解决问题：
一、民事诉讼中的应对策略
收集证据：
- 在提起诉讼前，尽可能收集能证明亲子关系存在或不存在的各类证据，如出生证明、生活照片、证人证言、分居证明、容貌或生活习惯的相似性等。
- 这些证据将为您在诉讼中提供有力支持，尤其是在对方拒绝配合亲子鉴定的情况下。
向法院申请亲子鉴定：
- 在诉讼过程中，明确向法院提出亲子鉴定的申请，并详细说明申请的理由和依据。
- 法院会根据案件的具体情况，决定是否要求另一方配合进行亲子鉴定。
对方拒绝的后果：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条的规定，如果对方没有相反证据且拒绝做亲子鉴定，法院可以结合其他证据和事实情况，依法作出对拒绝方不利的推定。
- 这意味着，在对方拒绝配合的情况下，您仍有可能通过法律手段维护自己的权益。
二、刑事案件中的应对策略
强制鉴定情况：
- 在某些涉及亲子关系的刑事案件中，如拐卖儿童案，司法机关有权依职权强制要求进行亲子鉴定。
- 这是为了维护社会公共利益和打击犯罪，确保案件的公正处理。
拒绝配合的后果：
- 如果相关人员拒绝配合司法机关的强制鉴定要求，可能被视为妨碍司法程序。
- 根据情节轻重，拒绝配合者可能面临训诫、罚款、拘留等处罚。
三、其他应对策略与建议
深入沟通：
- 尝试与对方进行深入、心平气和的沟通，解释亲子鉴定的目的和重要性。
- 强调亲子鉴定结果对双方及孩子的权益保障意义，争取对方的理解与配合。
借助第三方调解：
- 如果直接沟通无果，可以邀请双方都信任的亲朋好友、社区工作人员或专业调解机构介入。
- 通过第三方的斡旋和调解，帮助化解矛盾，促使对方同意进行亲子鉴定。
寻求法律援助：
- 咨询专业律师，了解相关法律规定和程序。
- 探讨是否有可能通过法律途径强制要求对方进行亲子鉴定，或在必要时寻求其他法律救济措施。
通过法律途径解决争议：
- 如果所有方法均无法解决问题，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式来维护自身权益。
- 在此过程中，专业律师的法律建议和帮助将至关重要，他们可以为您提供更具体、更专业的指导。
综上所述，处理对方不配合做亲子鉴定的问题时，应综合考虑不同法律场景下的应对策略与法律规定。同时，灵活运用沟通、法律援助、收集证据及法律途径解决争议等方法，以有效维护自身合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。