针对员工主张事实加班的情况，处理时需遵循一定的法律原则和程序，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、举证责任分配
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条以及《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》的相关规定，在处理加班费争议时，举证责任主要遵循“谁主张谁举证”的原则。即：
员工举证：员工主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。这通常包括提供加班申请单、考勤记录、工作邮件、工作聊天记录等能够证明加班事实的证据。
用人单位举证：如果员工有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据（如考勤系统数据、加班审批记录等），而用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。这意味着，如果用人单位无法提供反驳员工加班主张的证据，法院或仲裁机构可能会推定员工加班事实存在。
二、处理流程
员工提出主张：员工应首先向用人单位提出加班费的主张，并附上相关证据。
用人单位审核：用人单位在收到员工的主张后，应认真审核员工提供的证据，并根据自身掌握的证据进行反驳或确认。
协商或调解：如果双方对加班事实或加班费金额存在争议，可以尝试通过协商或调解的方式解决。这可以节省时间和成本，并维护良好的劳动关系。
仲裁或诉讼：如果协商或调解无果，员工可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，双方将围绕加班事实的存在、加班费的计算标准等焦点问题进行举证和辩论。
三、具体案例参考
以您提供的案例为例，梁倩作为员工，提供了加班申请单和钉钉考勤截图等证据来证明其加班事实。而公司则主张梁倩利用职务便利在有领导签字的空白单据上自行添加加班事项内容，但这一主张缺乏事实依据，法院未予采信。最终，法院根据梁倩提供的证据和公司的反驳情况，判决公司支付梁倩相应的加班工资。
四、建议
员工方面：在主张加班费时，应尽可能提供全面、真实的证据来证明加班事实的存在。同时，也要了解自己的权益和法律程序，以便在必要时维护自己的合法权益。
用人单位方面：应建立健全的加班管理制度和考勤记录系统，确保能够准确记录员工的加班情况。在收到员工的加班费主张时，应认真审核证据并积极应对，避免因为举证不力而承担不利后果。
综上所述，处理员工主张事实加班的问题时，应遵循法律原则和程序，合理分配举证责任，并通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式妥善解决争议。