合同变更支付条款在符合法律规定和双方协商一致的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同变更的合法性基础

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。当双方协商一致，且变更内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗时，合同可以变更。支付条款作为合同的重要组成部分，同样可以在双方协商一致的基础上进行变更。

2. 变更支付条款的具体要求

• 双方协商一致：变更支付条款必须得到合同双方当事人的明确同意。任何一方不得单方面变更支付条款，否则将构成违约。
• 不违反法律规定：变更后的支付条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，如不得设置不合理的利息、违约金等。
• 不违背公序良俗：变更后的支付条款不得违背社会公共利益和道德准则，如不得涉及非法交易、洗钱等行为。

3. 变更支付条款的实践操作

• 书面形式：为了保障双方权益，变更支付条款最好采用书面形式，如签订补充协议、修改原合同等。书面形式有助于明确双方的权利义务，避免口头协议可能带来的纠纷。
• 明确变更内容：在变更支付条款时，应明确变更的具体内容，如支付金额、支付方式、支付时间等。这有助于双方准确理解变更后的合同条款，避免误解和纠纷。
• 保留证据：在变更支付条款的过程中，双方应保留好相关证据，如书面协议、聊天记录、邮件往来等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。

4. 变更支付条款可能引发的法律后果

• 有效变更：如果变更支付条款符合上述要求，且双方已经履行了变更后的合同义务，那么变更将是有效的，对双方具有法律约束力。
• 无效变更：如果变更支付条款违反了法律规定或双方协商不一致，那么变更将是无效的。此时，双方应继续履行原合同中的支付条款，或者通过协商、诉讼等方式解决纠纷。

5. 建议与风险提示

• 谨慎变更：在变更支付条款前，双方应充分评估变更可能带来的风险和影响，确保变更符合双方的利益和需求。
• 咨询专业律师：如果双方对变更支付条款存在疑虑或争议，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和解决方案，帮助双方避免法律风险。

总结来说，合同变更支付条款在符合法律规定和双方协商一致的情况下是合法的。但为了避免纠纷和风险，双方在变更支付条款时应谨慎操作，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。