当交通运输部门规章与地方政府规章在超限超载法律处罚上不一致时，应优先适用交通运输部门规章，但需结合具体情形判断，以下是详细分析：
法律位阶与适用原则
根据《立法法》第九十五条，部门规章与地方政府规章之间对同一事项规定不一致时，由国务院裁决。但在司法实践中，若涉及具体行政处罚案件，法院通常遵循“上位法优于下位法”“特别法优于一般法”原则。由于交通运输部门规章属于国务院部门规章，其效力范围覆盖全国，而地方政府规章仅在本行政区域内有效，在无上位法明确冲突时，交通运输部门规章具有更广泛的适用性。例如，若交通运输部规章对超限超载的处罚标准（如罚款幅度、扣分规则）与某省地方政府规章不一致，且该省规章未明确突破上位法（如《公路安全保护条例》），则应优先适用交通运输部规章。
地方性法规的优先性
若地方政府规章的制定依据是本省、自治区、直辖市的地方性法规，且该地方性法规与交通运输部门规章不冲突，则地方性法规的效力高于部门规章。此时，地方政府规章作为地方性法规的实施细则，其处罚规定可优先适用。例如，某省通过地方性法规明确“超限10%以上20%以下的，处5000元罚款”，而交通运输部规章规定“超限10%以上处3000元罚款”，若该省法规未违反《行政处罚法》的处罚幅度限制，则应按地方性法规执行。
特殊情形下的处理
若交通运输部门规章与地方政府规章均未直接违反上位法，但存在明显冲突（如对“超限”的认定标准不同），行政机关在执法中需报请国务院裁决。在此期间，若涉及具体案件，法院可能根据《行政诉讼法》第六十三条，结合立法目的、社会效果等因素综合判断。例如，某市地方政府规章将“超载”定义为“超过核定载质量5%”，而交通运输部规章定义为“超过3%”，若该市规章未通过省级人大常委会批准为地方性法规，则法院可能倾向于适用部门规章以维护全国统一标准。
建议：若您遇到此类冲突，可先核查两部规章的制定依据（是否涉及地方性法规或上位法），再结合具体案件事实（如超限比例、处罚类型）判断适用规则。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合最新判例和立法动态为您详细分析。