关于用人单位只按最低工资标准缴纳社保是否合法的问题，这需要根据员工实际工资与最低工资标准的对比情况，以及当地的社保政策来综合判断。
首先，我们明确合法情形：
员工工资等于或低于最低工资标准：当员工的月工资恰好等于或低于当地最低工资标准时，用人单位按照该标准为其缴纳社保是合法的。因为社保缴费基数通常是根据员工的工资收入来确定的，此时以最低工资标准作为缴费基数，符合社保缴费基数确定的一般原则。
员工工资低于当地社保规定的最低缴费基数：在某些特殊情况下，如员工工资低于当地社保规定的最低缴费基数（这通常是当地上一年全口径城镇单位就业人员平均工资的60%），用人单位按照最低标准缴纳社保也是被允许的。这是因为社保缴费基数有上下限的规定，最低工资标准作为劳动者收入的下限，在此时作为缴费基数是符合法律规定的。
接下来，我们分析不合法情形：
员工实际工资高于最低工资标准：如果员工实际工资高于当地最低工资标准，但用人单位却按照最低工资标准为其缴纳社保，这是不合法的。根据《社会保险法》等相关法律法规，用人单位应当按照本单位职工工资总额的比例缴纳社会保险费，即社保缴费基数应当是职工的实际工资。用人单位此举损害了职工的社保权益。
故意压低工资以规避社保：用人单位若故意压低员工工资，以便按照最低标准缴纳社保，从而节约成本，这种行为不仅严重损害了职工的合法权益，还违反了《劳动法》和《社会保险法》的相关规定。此类行为可能导致员工在养老金待遇、医疗报销额度等方面受到不利影响。
关于法律依据：
最后，关于维权途径：
若发现用人单位存在违规缴纳社保的行为，员工有权要求用人单位按照实际工资足额补缴社保。如果用人单位拒绝，员工可以向当地的劳动监察部门或者社保经办机构投诉举报，通过法律途径维护自身的合法权益。
总结：用人单位只按最低工资标准缴纳社保的合法性，取决于员工实际工资与当地最低工资标准的对比情况，以及当地的社保政策。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保按照员工实际工资足额缴纳社保，以保障员工的合法权益。员工也应了解自己的权益，一旦发现权益受损，应及时采取法律手段进行维权。