从工资总额中扣除的罚款去向，需结合具体罚款性质和实施主体来分析，以下是不同情况下的核心结论与说明：

1. 用人单位依据合法规章制度进行的罚款
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%。此类罚款的最终去向是用人单位账户，用于弥补实际损失。例如员工因重大过失损坏设备，单位扣除部分工资作为赔偿，该款项会进入单位财务账户用于设备维修或重置。
   需注意：单位必须满足三个条件才合法——①规章制度经民主程序制定并公示；②罚款与经济损失直接相关；③每月扣除比例合规。若单位无法证明损失或扣除比例超标，劳动者可主张返还。

2. 行政机关或司法机关依法作出的罚款
   若罚款由劳动监察部门、税务机关等行政机关，或法院依据《行政处罚法》《税收征收管理法》等法律作出（如拖欠社保罚款、偷税漏税处罚），罚款会直接上缴国库，纳入财政公共账户。例如单位未足额缴纳社保被劳动监察部门处罚，罚款会通过指定银行账户划转至财政专户，用于公共支出。
   此类罚款具有强制性，单位必须单独缴纳，不得从员工工资中直接扣除。若单位擅自将行政罚款转嫁至员工，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 单位违规设立的“罚款”项目
   若单位以“迟到罚款”“绩效不达标罚款”等名义扣除工资，但无法证明与经济损失直接相关，或扣除比例超过月工资20%，此类行为违反《劳动合同法》第三十八条，属于“未及时足额支付劳动报酬”。扣除的款项仍留在单位账户，但劳动者有权要求单位返还，并可据此解除劳动合同并主张经济补偿。
   例如单位规定“每月迟到3次以上扣500元”，但无法证明迟到造成了500元损失，该规定无效，劳动者可要求返还。

总结建议：
若您遇到工资被扣款的情况，可先要求单位出具书面扣除依据（如规章制度条款、损失证明等），核对扣除比例是否合规。若对扣除合法性存疑，可携带工资条、劳动合同等材料，直接向我咨询具体维权方案。我会结合您的具体情况，分析扣除行为的合法性，并指导您通过劳动监察投诉或劳动仲裁主张权益。