分公司投标总公司签合同，在一般情况下是不被允许的，但在特定条件下可能具有合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合规性
招投标基本原则：
- 招标活动必须遵循公平、公正、公开的原则。分公司作为投标人参与投标，是基于其自身的资质、能力、业绩等条件进行竞争的。若由总公司签订合同，实际履行主体发生变更，这不仅违背了招投标的基本规则，也损害了其他投标人的合法权益，破坏了市场竞争的公平性。
合同主体的合法性：
- 分公司虽不具有独立法人资格，但其在法律上是可以以自己名义从事民事活动的实体。在招投标法律关系中，中标后签订合同的主体应与投标主体保持一致，即分公司中标后应由分公司签订合同。若总公司代替分公司签订合同，将导致合同主体与招投标文件中的主体不一致，可能引发合同效力上的瑕疵，甚至导致合同无效或可撤销。
法律责任的明确性：
- 总公司和分公司在法律上是不同的主体，总公司具有独立法人资格，能独立承担民事责任；而分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。若允许分公司投标而总公司签订合同，可能导致责任不清、权利义务不明等问题，影响招标方的合法权益和招投标活动的正常秩序。
二、特定条件下的合法性
尽管一般情况下分公司投标总公司签合同是不被允许的，但在某些特定条件下，这种行为可能具有合法性：
招标人同意：
- 如果招标人在招投标文件中明确规定或事先说明允许总公司代分公司签订合同，并且在实际操作中获得了招标人的明确同意或认可，那么这种操作可能具有合法性。这种情况下，招标人对合同签订主体的变更表示了认可，视为对招投标程序的一种特殊安排。
特别授权：
- 如果分公司获得总公司的特别授权，明确授权总公司就该中标项目签订合同，并且这种授权得到了招标人的充分披露和认可，那么合同签订行为也有可能得到有效处理。此时，总公司作为分公司的代理人，在授权范围内签订合同，法律后果由分公司（最终由总公司承担）来承受，但合同上的名义主体为总公司，需确保此安排不违反招投标法的强制性规定和招标文件的特别要求。
三、实际操作中的建议
仔细阅读招标文件：
- 在投标前，务必仔细阅读招标文件，明确招标人的要求和限制。如果招标文件对合同签订主体有明确规定，应严格遵守。
确保明确授权：
- 如果确实需要由总公司签订合同，应确保分公司获得总公司的明确、书面授权，并在投标文件中体现。同时，这种授权应得到招标人的充分披露和认可。
咨询专业法律意见：
- 鉴于分公司投标总公司签合同可能涉及的复杂法律问题，建议在实际操作前向我咨询。我可以根据具体的项目情况、地区法律法规以及合同条款，为你提供针对性的法律建议和解决方案。
总结：分公司投标总公司签合同在一般情况下是不被允许的，但在特定条件下（如招标人同意或特别授权）可能具有合法性。为确保操作的合规性和有效性，建议在实际操作前仔细阅读招标文件、确保明确授权，并咨询专业法律意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我提问。