结论：在原告凭借转账记录起诉民间借贷，但查明转账并非借款的情况下，法院应当按照查明的实际法律关系进行审理。

详细分析：

1. 法律关系的确定：

   • 在民事诉讼中，法律关系的确定是审理案件的基础。当原告以民间借贷为由提起诉讼，并提供了转账记录作为证据时，如果被告能够证明该转账并非基于借款关系，而是基于其他法律关系（如赠与、投资、买卖等），则法院应当根据查明的实际法律关系进行审理。

2. 证据的审查与认定：

   • 转账记录作为书证，虽然能够证明资金流动的事实，但并不能直接证明法律关系的性质。法院在审理案件时，会综合审查双方当事人的陈述、其他相关证据（如聊天记录、合同、协议等），以及交易习惯、行业惯例等因素，以确定转账的实际法律关系。

3. 审理原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院审理民事案件，应当以事实为根据，以法律为准绳。在查明转账并非借款的情况下，如果继续按照民间借贷关系进行审理，将违背事实和法律原则，可能导致判决结果的不公正。

4. 可能的法律后果：

   • 如果法院错误地按照民间借贷关系进行审理，并作出了判决，那么该判决可能因事实认定不清或法律适用错误而被撤销或改判。这不仅会浪费司法资源，也会损害当事人的合法权益。

建议：

• 对于原告而言，在提起诉讼时，应当确保所主张的法律关系有充分的证据支持。如果转账并非基于借款关系，而原告仍坚持以民间借贷为由提起诉讼，可能会面临败诉的风险。
• 对于被告而言，如果认为转账并非借款，应当积极收集证据，证明转账的实际法律关系，并在庭审中充分陈述和辩论，以维护自己的合法权益。
• 在整个诉讼过程中，双方当事人都应当遵循诚实信用原则，如实陈述事实，提供真实、有效的证据，以便法院能够准确查明事实，作出公正的判决。

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