针对有限公司自行清算后，剩余财产归两个股东所有，但在注销15年后发生分割财产纠纷的问题，以下是从不同角度的法律分析：
法律适用原则：
- 清算程序与剩余财产分配：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，有限公司在清算结束后，剩余财产应按照股东的出资比例或股东会决议进行分配。若清算程序合法且剩余财产分配方案已确定，原则上该分配方案具有法律效力。然而，若在清算过程中存在违法或不当行为，如未依法通知债权人、未依法进行财产分配等，则可能影响分配方案的效力。
- 诉讼时效：关于诉讼时效，根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但需注意，若存在诉讼时效中断、中止等情形，诉讼时效期间可能重新计算或延长。在注销15年后发生分割财产纠纷，若未超过最长诉讼时效（通常为二十年），且不存在诉讼时效中断、中止等情形，理论上仍可提起诉讼。但实践中，由于时间跨度较长，证据收集、事实认定等方面可能存在较大困难。
可能面临的法律挑战：
- 证据收集：由于公司已注销15年，相关财务资料、清算报告、股东会决议等关键证据可能已遗失或难以获取，这将对案件的事实认定构成重大挑战。
- 法律适用变化：在过去的15年间，相关法律法规可能已发生修订或废止，需仔细审查案件事实与现行法律法规的适用性。
- 股东间协议或承诺：若股东间在清算过程中或清算后存在关于剩余财产分配的协议或承诺，且该协议或承诺未违反法律法规的强制性规定，则可能对案件结果产生重要影响。
法律建议：
- 收集证据：尽管时间跨度较长，但仍应尽力收集与案件相关的所有证据，包括但不限于清算报告、股东会决议、财务资料、股东间协议或承诺等。
- 咨询专业律师：由于案件涉及复杂的法律问题和较长的诉讼时效，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师将根据案件事实、相关法律法规及司法实践，为你提供全面的法律分析和诉讼策略。
- 考虑和解或调解：在诉讼过程中，可考虑与对方进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。这有助于节省诉讼成本、缩短诉讼周期，并维护股东间的良好关系。
在处理此类纠纷时，需特别注意以下几点：
- 仔细审查清算程序的合法性，确保清算过程符合法律法规的规定。
- 关注诉讼时效问题，确保在法定诉讼时效期间内提起诉讼。
- 充分考虑证据收集的难度和成本，制定合理的诉讼策略。
若你面临此类纠纷或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。我将根据你的具体情况，为你提供全面、专业的法律服务。