发现耕地被违建占用，您应向当地自然资源主管部门（或农业农村部门）提交书面查处申请，具体流程和模板如下：

一、明确申请对象：根据违建性质选择部门

1. 若违建涉及非法占用耕地（改变土地用途）：

   • 主管部门：自然资源部门（原国土资源局）。
     
   • 依据：根据《土地管理法》第七十七条，非法占用耕地建房、建窑等行为由县级以上自然资源部门查处。
     

2. 若违建涉及在耕地上从事非农建设（如搭建厂房、仓库）：

   • 主管部门：农业农村部门（部分地区由综合执法局负责）。
     
   • 依据：根据《农村土地承包法》第六十一条，承包方违法将承包地用于非农建设的，由农业农村部门或乡镇政府责令改正。
     

建议：可先向当地自然资源部门咨询，确认违建性质后针对性提交申请；若部门职责存在交叉，可同时向两部门提交申请。

二、申请书核心内容与模板

1. 申请书必备要素：

• 申请人信息：姓名、联系方式、身份证号（若为集体申请，需附代表人信息及村民签字）。
  
• 违建基本情况：具体位置（附地图标注）、占地面积、建设时间、用途（如居住、经营）、是否已投入使用。
  
• 证据材料：现场照片、视频、土地权属证明（如承包合同）、违建方信息（若已知）。
  
• 请求事项：明确要求部门依法查处、责令拆除违建、恢复耕地原状。
  

2. 参考模板：

**查处违法建设申请书**  

XX县（市）自然资源局/农业农村局：  

申请人：XXX，身份证号：XXXXXXXX，联系电话：XXXXXXXX，住址：XX省XX市XX县XX村。  

申请事项：请求依法查处XX村XX地块（四至范围：东至XX，南至XX，西至XX，北至XX）的违法建设行为。  

事实与理由：  
1. 该地块为基本农田（或一般耕地），土地承包权归申请人（或XX村集体）所有，承包合同编号：XXXXXXXX。  
2. 自XXXX年XX月起，XX（违建方姓名/单位）未经批准，擅自在该地块搭建XX（如房屋、厂房），占地面积约XX平方米，目前用于XX（如居住、仓储）。  
3. 该行为违反《土地管理法》第三十七条（禁止占用耕地建窑、建坟等）及第四十四条（建设占用土地需审批）的规定，已造成耕地破坏。  

证据材料：  
1. 土地承包合同复印件；  
2. 现场照片XX张、视频XX段；  
3. 违建方身份信息（若已知）。  

请求贵局依法履行职责，责令违建方限期拆除违法建筑，恢复土地原状，并依法予以处罚。  

此致  
XX县（市）自然资源局/农业农村局  

申请人（签字/盖章）：XXX  
日期：XXXX年XX月XX日  

三、提交申请后的跟进建议

1. 保留提交凭证：通过EMS邮寄申请书（留存邮寄回执），或直接递交至部门办公场所并要求出具接收回执。
   
2. 跟进处理进度：若部门未在法定期限内答复（通常为60日），可向上级部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼。
   
3. 联合举报：若违建涉及多人利益，可联合其他村民共同申请，增强诉求力度。
   

如有进一步疑问（如部门推诿、处理结果不满），可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细解决方案。