针对您提出的“工程施工违反质量规定但工程质量合格怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使最终工程质量合格，但施工过程中若存在违反质量规定的行为，施工单位仍可能面临一系列处罚措施。这些处罚旨在维护建筑市场秩序，保障工程质量安全，并保护人民群众的合法权益。

一、行政处罚

1. 责令改正：

   • 主管部门在发现施工单位存在违规行为时，会首先责令其立即改正，消除影响工程质量的不利因素，并要求施工单位按照工程建设相关标准和规范进行施工操作。这是最基本的处罚措施，旨在促使施工单位及时纠正错误，确保后续施工符合质量要求。

2. 罚款：

   • 根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，施工单位若存在偷工减料、使用不合格建筑材料、不按照工程设计图纸或施工技术标准施工等行为，即使最终工程质量合格，也可能被处以工程合同价款一定比例的罚款。罚款数额会根据违法行为的严重程度和造成的后果进行裁量。

3. 停业整顿：

   • 对于违规行为情节较为严重的施工单位，主管部门有权责令其停业整顿。期间，施工单位必须停止相关工程建设活动，对内部管理、施工流程、质量控制体系等进行全面整改，直至达到要求并经审核通过后，方可恢复营业。

4. 降低资质等级或吊销资质证书：

   • 如果施工单位因违规行为导致其技术水平、管理能力、人员素质等不符合现有资质等级标准要求，主管部门会降低其资质等级，限制其承接工程的范围和规模。对于造成特别严重后果的施工单位，还可能被吊销资质证书，失去从事相应工程建设活动的合法资格。

二、民事赔偿

• 尽管最终工程质量合格，但施工单位在施工过程中若因违规行为给建设单位、其他相关方或第三方造成损失的（如因施工不当导致的周边建筑物损坏、工期延误等），仍应承担民事赔偿责任。赔偿范围可能包括工程修复费用、工期延误造成的损失、对第三方人身和财产造成的损害等。

三、特殊情况说明

• 工程质量合格与违规行为的区分：需要明确的是，工程质量合格并不等同于施工过程中没有违规行为。工程质量合格是最终的结果，而违规行为是施工过程中的操作问题。因此，即使工程质量合格，也不能免除施工单位因违规行为而应承担的法律责任。

• 处罚的裁量性：在实际操作中，主管部门会根据违规行为的严重程度、造成的后果以及施工单位的整改情况等因素，综合裁量处罚措施。因此，不同情况下施工单位可能面临的处罚会有所不同。

四、建议与总结

• 严格遵守法律法规：施工单位应严格遵守相关法律法规和工程建设标准，确保施工过程中的每一个环节都符合质量要求，避免违规行为的发生。

• 加强内部管理：施工单位应加强内部管理，建立健全质量控制体系，提高施工人员的质量意识和操作技能，确保工程质量符合标准。

• 积极配合整改：若因违规行为被主管部门责令整改，施工单位应积极配合，按照要求限期完成整改工作，并主动向主管部门报告整改情况。

综上所述，即使工程施工最终质量合格，但若存在违反质量规定的行为，施工单位仍可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。因此，施工单位应严格遵守相关法律法规和工程建设标准，确保工程质量符合要求，避免不必要的法律风险和经济损失。