结论前置：甲方能否因乙方开票而扣钱，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定
   若双方签订的合同中明确约定“乙方需按甲方要求开具发票，否则甲方有权扣除相应款项”，且该条款不违反法律强制性规定（如税率合法、扣款比例合理），则甲方扣款行为具有合同依据，属于合法行使权利。例如：合同约定乙方需开具增值税专用发票，但乙方仅开具普通发票，导致甲方无法抵扣进项税，甲方可按合同约定扣减差额部分。

2. 合同无约定但乙方存在违约行为
   若合同未约定扣款条款，但乙方开具的发票存在瑕疵（如发票信息错误、虚假发票、未按时开具等），且该行为导致甲方遭受实际损失（如税务处罚、无法报销等），甲方可依据《民法典》第五百七十七条要求乙方承担违约责任，包括赔偿损失。但需注意：

   • 甲方需证明损失与乙方开票行为存在直接因果关系；
     
   • 扣款金额不得超过实际损失范围（如甲方因乙方迟延开票被罚款5000元，则扣款上限为5000元）。

3. 合同无约定且乙方无违约行为
   若乙方已按合同约定开具合法有效的发票，甲方无正当理由扣款，则属于违约行为。乙方可依据《民法典》第五百七十九条要求甲方支付全额款项，并可主张逾期付款利息或违约金。例如：合同未约定发票类型，乙方开具普通发票后，甲方以“需专用发票”为由扣款，此时甲方行为缺乏法律依据。

建议：

• 对甲方而言：若需通过开票问题约束乙方，应在合同中明确约定发票类型、开具时间、违约责任等条款，避免口头约定；
  
• 对乙方而言：开具发票前应核对合同要求，保留开票凭证及沟通记录，以防纠纷。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。