针对已吊销车辆营运证被查扣的情况，处罚措施主要依据相关法律法规进行，具体如下：
行政处罚的种类与依据：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条的规定，若车辆未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营，且情节严重的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营。对于已吊销车辆营运证但仍继续从事营运活动的，这一条款同样适用，意味着将面临责令停止经营的处罚。
- 同时，该条例还规定，有违法所得的，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。这是针对非法营运活动的经济处罚措施。
查扣车辆的具体处理：
- 在执法过程中，若发现车辆营运证已被吊销但仍在进行营运活动，交通运输主管部门有权查扣该车辆。查扣车辆是作为一种行政强制措施，旨在制止违法行为并防止证据灭失。
- 查扣车辆后，主管部门会依法进行调查处理，并根据调查结果作出相应的行政处罚决定。在处罚决定作出并执行完毕后，车辆可能会被返还，但前提是车主需满足一定的条件，如缴纳罚款、接受处罚等。
可能的法律后果与影响：
- 除了上述的行政处罚外，车主还可能面临其他法律后果。例如，若因非法营运导致交通事故或造成其他损害，车主需承担相应的民事赔偿责任。
- 此外，非法营运行为还可能影响车主的信用记录，对其未来的经营活动产生不利影响。在严重的情况下，车主甚至可能面临刑事责任的追究。
法律建议：
- 若您的车辆营运证已被吊销，请务必停止一切营运活动，以避免不必要的法律风险和处罚。
- 若您对吊销决定有异议或认为处罚不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
- 在日常经营活动中，请务必遵守相关法律法规，确保车辆和驾驶员的合法资质，以维护道路运输市场的秩序和安全。
总结来说，已吊销车辆营运证被查扣将面临责令停止经营、没收违法所得、罚款等行政处罚，并可能面临车辆查扣、民事赔偿甚至刑事责任等法律后果。因此，请务必遵守相关法律法规，确保合法经营。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。