医院扣完工资，您可按以下步骤处理：

1. 核实扣款依据与合法性
   首先需明确医院扣款的具体原因（如考勤、绩效、医疗事故赔偿等）及法律依据。根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在劳动者造成经济损失且需赔偿时，可按劳动合同约定扣款，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若医院扣款超出法定比例或无合法依据（如未签订赔偿协议、未明确扣款规则），则属于违法行为。

2. 与医院协商沟通
   若发现扣款不合理，优先通过协商解决。可要求医院出具书面扣款通知，明确扣款事由、金额及计算方式，并核对是否符合劳动合同或医院规章制度。若医院拒绝沟通或无法提供合法依据，可进入下一步。

3. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉（可通过12333热线或官网查询地址）。投诉时需提供劳动合同、工资条、扣款通知等证据，监察部门将调查并责令医院限期整改，逾期不改正的可处以罚款。

4. 申请劳动仲裁
   若投诉后仍未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需在纠纷发生后1年内提出）。仲裁请求可包括：要求医院返还违法扣款、支付经济补偿金（如因扣款导致被迫离职）等。仲裁裁决具有法律效力，医院不履行的可申请法院强制执行。

5. 特殊情形处理

• 医疗事故赔偿扣款：若扣款与医疗事故相关，需确认医院是否已按《医疗事故处理条例》与您签订赔偿协议。未经协商单方面扣款的，您有权拒绝。
  
• 绩效扣款：若医院以绩效不达标为由扣款，需核对绩效考核制度是否经民主程序制定、是否已公示或告知您。未满足上述条件的制度对您无约束力。
  

温馨提示：处理过程中务必保留所有书面证据（如工资条、扣款通知、沟通记录等），并注意时效性（劳动仲裁需在1年内提出）。若对流程不熟悉，可直接向我咨询具体操作细节。