当企业非法克扣员工工资时，劳动者有权依据《劳动法》、《劳动合同法》及相关规定，要求企业支付被克扣的工资、经济补偿金及可能的赔偿金。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿方式与标准
补足工资差额：
- 企业应首先补足被克扣的工资部分，这是最直接且基本的赔偿要求。
支付经济补偿金：
- 根据《劳动合同法》的规定，若企业未及时足额支付劳动报酬，劳动者有权解除劳动合同，并要求企业按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准支付经济补偿。具体来说，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 此外，虽然《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》中的部分条款在新法律依据中未明确提及，但原办法中关于企业克扣或无故拖欠工资需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金的规定，在符合条件时仍可作为参考。
加付赔偿金：
- 若企业在劳动行政部门责令限期支付劳动报酬后，逾期仍不支付，劳动行政部门有权责令企业按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
二、维权流程
协商处理：
- 劳动者应首先尝试与企业进行协商，要求支付被克扣的工资及相应赔偿。若企业无法提供合理理由或相关规章制度未公开公示，则可视为恶意克扣。
投诉劳动监察大队：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察大队投诉，请求其协助处理。劳动监察大队有权对企业进行监察，并责令其支付被克扣的工资及赔偿。
申请劳动仲裁：
- 若投诉后仍无改善，劳动者可向当地劳动仲裁机构递交申请，要求劳动仲裁。在仲裁过程中，劳动者应明确提出支付被克扣的工资、经济补偿金及赔偿金的请求，并提供相关证据支持自己的主张。
法院强制执行：
- 若劳动仲裁裁决生效后，企业仍拒绝执行，劳动者可向法院申请强制执行，确保裁决得到履行。
三、注意事项
保留证据：
- 劳动者在维权过程中应妥善保留相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、银行流水、工作证、同事证言以及与企业的沟通记录等。这些证据将有助于证明劳动关系的存在、工资标准及克扣事实。
注意时效：
- 劳动者在申请赔偿时需注意法律规定的时效。一般来说，劳动争议的申诉时限为争议发生之日起一年内（具体根据当地规定可能有所不同）。超过时效可能影响维权的有效性。
综上所述，面对企业非法克扣工资的情况，劳动者应依法维权，通过协商、投诉、劳动仲裁和法院强制执行等方式来维护自己的合法权益。在维权过程中，保留好相关证据并注意时效是至关重要的。同时，劳动者也应了解并熟悉相关法律法规，以便更有效地维护自身权益。