监理单位在工程款超付情形下，应依据合同约定、法律规定及行业规范，通过核查、报告、监督整改及协助追偿等措施履行职责，具体处理方式如下：
立即核查超付事实，固定证据
监理单位需第一时间审查工程款支付凭证（如进度款申请单、支付证书、银行流水等），核对已付金额与合同约定、实际完成工程量的匹配性。若发现超付，应立即制作书面核查报告，明确超付金额、原因（如计量错误、变更未扣减等）及责任方，并要求施工单位签字确认。此步骤为后续处理提供事实依据，避免争议。
向建设单位发出书面预警，督促整改
根据《建设工程监理规范》（GB/T 50319），监理单位有义务向建设单位报告工程款支付异常情况。发现超付后，应立即向建设单位提交《工程款超付预警报告》，建议暂停后续支付，并要求施工单位限期返还超付部分。若超付因监理自身计量错误导致，需同步向建设单位说明情况，承担相应责任。
监督施工单位返还超付款项，或通过合同条款追偿
若施工单位认可超付事实，监理单位应监督其按约定返还超付款项，并在后续支付中扣减。若施工单位拒绝返还，监理单位需协助建设单位依据《民法典》第577条（违约责任）及施工合同中的“超付处理条款”（如“超付部分应在下一期进度款中扣除”或“施工单位需按LPR支付超付资金占用费”），通过协商、调解或诉讼途径追偿。
审查合同条款，防范后续风险
监理单位需协助建设单位审查施工合同中关于工程款支付的条款（如计量规则、变更签证流程、支付节点等），明确超付的违约责任及处理机制。若合同存在漏洞（如未约定超付返还方式），应建议建设单位与施工单位签订补充协议，完善风险防控措施。
配合审计或行政调查，提供专业支持
若超付问题引发审计或行政机关调查（如财政资金使用合规性审查），监理单位需配合提供核查报告、支付凭证等材料，并就计量、支付流程的合规性出具专业意见，避免因监理失职导致建设单位承担行政责任。
风险提示：监理单位若未履行上述职责（如未及时发现超付、未报告或未监督整改），可能因“未尽到监理义务”被建设单位追究违约责任（《民法典》第796条），甚至因重大过失承担连带赔偿责任（《建设工程质量管理条例》第36条）。因此，建议监理单位在处理超付问题时，全程留存书面记录，并咨询专业律师评估法律风险。