联合体投标代理费的缴纳方式需根据联合体协议约定及实际代理服务情况确定，既可分开计算也可合并计算，具体如下：

1. 若联合体协议明确约定代理费分担比例
   根据《民法典》第九百五十八条关于委托合同费用分担的规定，若联合体成员在协议中明确约定了代理费的分担比例（如按中标份额、出资比例等），则应按约定分别向代理机构支付各自承担的部分。例如：A、B公司组成联合体中标，协议约定A承担60%、B承担40%，则代理费按此比例分开缴纳。

2. 若联合体协议未约定或约定不明
   根据《招标投标法》第三十一条及《民法典》第五百一十七条，联合体各方对中标项目承担连带责任，代理费支付亦适用此原则。此时有两种处理方式：

   • 合并计算：联合体共同与代理机构签订委托合同，由牵头方统一支付后，内部按协商比例分摊（需留存书面分摊协议）；
     
   • 分开计算：若代理机构分别与联合体成员签订合同，则各自按合同约定支付，但需注意避免重复计费（如代理机构为同一项目提供重复服务）。

3. 实务建议

   • 优先书面约定：在联合体协议中明确代理费计算方式、支付主体及分摊比例，避免纠纷；
     
   • 留存支付凭证：无论分开或合并支付，均需保留转账记录、发票等证据，以证明履行情况；
     
   • 注意税务合规：若分开支付，需确保各成员取得的发票符合税法要求（如抬头与付款方一致）。

提示：若联合体成员对代理费支付产生争议，可依据《民法典》第九百三十三条要求解除委托合同，但需赔偿代理机构合理损失。具体操作需结合项目实际情况设计方案，可直接向我咨询细节。