在醉驾事故中，当事人血样40小时才检测且卷宗没有血样低温保存记录的情况下，法院的定案会综合多方面因素考量，但总体而言，这可能对证据的合法性、关联性、真实性产生质疑，进而影响案件的定性和量刑，具体分析如下：

1. 证据合法性受质疑：

   • 根据相关法律规定，对于涉嫌醉驾的血液样本，应当及时进行检测，并且通常要求在低温条件下保存以确保样本的稳定性和准确性。若血样在40小时后才进行检测，且没有低温保存记录，这可能违反了证据收集、保存和检测的法定程序。
   • 法院在审理案件时，会严格审查证据的合法性。如果证据的收集、保存或检测程序存在瑕疵，且这些瑕疵可能影响证据的真实性或可靠性，那么该证据可能会被法院排除，不作为定案的依据。

2. 证据关联性受影响：

   • 血样检测结果通常是醉驾案件中的关键证据，用于证明当事人是否处于醉酒状态。然而，如果血样保存不当或检测时间过长，可能导致检测结果不准确或无法反映当事人当时的真实酒精含量。
   • 在这种情况下，即使检测结果显示当事人血液中酒精含量超标，但由于证据的关联性受到质疑，法院也可能不会完全依赖这一结果来定案。

3. 证据真实性存疑：

   • 长时间未检测且没有低温保存记录的血样，其真实性可能受到质疑。因为随着时间的推移，血样中的酒精含量可能会发生变化，或者血样可能受到污染、变质等影响。
   • 法院在审理案件时，会要求证据具有高度的真实性。如果证据的真实性无法得到保障，那么该证据在案件中的证明力将会大打折扣。

4. 法院可能的定案方向：

   • 如果法院认为血样检测结果因保存不当或检测时间过长而失去了合法性、关联性和真实性，那么该结果可能不会被作为定案的依据。
   • 在这种情况下，法院可能会依赖其他证据来定案，如当事人的陈述、证人证言、现场勘查记录等。如果其他证据也不足以证明当事人构成醉驾，那么法院可能会作出无罪或罪轻的判决。
   • 当然，如果法院认为虽然血样保存和检测程序存在瑕疵，但这些瑕疵并不足以影响证据的整体证明力，或者有其他证据能够佐证血样检测结果的真实性，那么法院仍然可能会依据血样检测结果来定案。

在实际操作中，每个案件的具体情况都会有所不同。因此，如果你或你身边的人遇到了类似的问题，建议直接向我咨询，我会根据案件的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律意见。