贷款还清后，他项权利证书最终应归还给房屋所有权人（即借款人或产权人），但实际操作中，该证书通常会被不动产登记部门收回或销毁，不再交还借款人或银行。以下从不同角度为您详细分析：
一、他项权利证书的作用与性质
他项权利证书是抵押权人在借款人将房产作为抵押物时取得的法律凭证，用于证明其对抵押物的优先受偿权。在贷款未结清前，该证由抵押权人（如银行）持有，以确保债权安全。它作为房屋产权登记机关颁发给抵押权人或者典权人等项权利人的法定凭证，具有明确的法律效力。
二、贷款还清后的处理流程
申请注销抵押登记：
- 借款人需向抵押权人（如银行）提出书面申请，要求注销抵押登记并返还他项权利证书。
- 需提交的材料通常包括：贷款结清证明、身份证明、房产证原件等。
抵押权人配合办理手续：
- 银行或金融机构核实贷款已结清后，会出具《贷款结清证明》及《抵押权注销申请表》。
- 部分地区需抵押权人与借款人共同前往不动产登记中心办理解除抵押手续。
领取他项权利证书并注销抵押登记：
- 在实际操作中，不动产登记部门在审核通过后，会在他项权利证书上加盖“注销”章或注明“已注销”字样，随后存档或当场销毁。
- 这意味着，虽然理论上他项权利证书应归还给房屋所有权人，但实际操作中，该证书已不再具有实际效力，因此通常不会被交还借款人或银行。
- 不动产登记部门审核通过后，会在房产证上加盖“解除抵押”章，完成注销登记，此时房产证上将不再显示抵押信息，房屋所有权人完全拥有了房产的所有权。
三、关键注意事项
- 及时办理避免风险：若未及时注销抵押登记，可能影响房产交易或二次融资。因此，借款人在还清贷款后，应尽快办理注销抵押登记手续。
- 材料保管与备份：建议提前复印他项权利证书及相关文件，留存结清证明备查。虽然他项权利证书在注销后不再具有实际效力，但相关文件和证明在后续房产交易或融资过程中可能仍需使用。
- 政策差异提示：部分地区允许线上办理或委托他人代办注销抵押登记手续，具体需咨询当地不动产登记处。不同地区的政策可能存在差异，因此借款人在办理手续前应先了解当地的具体规定。
四、法律依据
- 《城市房屋权属登记管理办法》（虽部分条款已废止，但关于注销登记的相关规定仍具参考价值）：因房屋灭失、土地使用年限届满、他项权利终止等，权利人应当自事实发生之日起30日内申请注销登记。申请时，应提交原房屋权属证书、他项权利证书及相关合同、协议、证明等文件。注销房屋权属证书时，登记机关应作出书面决定，送达当事人，并收回原发放的房屋权属证书或公告原房屋权属证书作废。
综上所述，贷款还清后，他项权利证书的处理需遵循一定的流程和法律规定。虽然理论上该证书应归还给房屋所有权人，但实际操作中通常会被不动产登记部门收回或销毁。借款人在办理手续时，应确保携带有效身份证件、房产证（如有）、他项权利证书及还清贷款证明等相关材料，并积极沟通并按要求补充相关材料，以确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。