是的，串标围标行为在查实后，会没收违法所得。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条的规定，投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的，以及投标人以向招标人或者评标委员会成员行贿的手段谋取中标的，其中标无效。对于此类行为，法律明确规定了处罚措施，其中包括“有违法所得的，并处没收违法所得”。

二、处罚措施的具体应用

1. 罚款与没收违法所得：

   • 对于串标围标的投标人，除了中标无效外，还将被处以中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
   • 对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也将被处以单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
   • 若存在违法所得，将一并没收。

2. 取消投标资格与公告：

   • 情节严重的，还将取消该单位一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格，并予以公告，以示惩戒。

3. 吊销营业执照：

   • 对于屡教不改的单位，若自串通投标处罚执行期限届满之日起三年内又串通投标的，由工商行政管理机关吊销其营业执照，从根本上剥夺其参与市场竞争的资格。

三、刑事责任与民事责任

1. 刑事责任：

   • 若串标围标行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十三条的规定，投标人相互串通投标报价，损害招标人或者其他投标人利益，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

2. 民事责任：

   • 串标围标行为若给其他投标人、招标人或者国家、集体、公民的合法权益造成损失，应当承担赔偿责任。受损方有权通过民事诉讼的方式，要求侵权方赔偿因串标围标行为所遭受的直接经济损失和间接经济损失。

四、实际案例与启示

在实际操作中，串标围标行为往往伴随着复杂的利益链条和隐蔽的操作手法。然而，随着法律法规的不断完善和监管力度的加强，越来越多的串标围标行为被揭露并受到严厉打击。例如，在某些大型工程项目中，因串标围标行为被查实的投标人不仅面临巨额罚款和没收违法所得的处罚，还可能被取消投标资格甚至吊销营业执照，对其商业信誉和长期发展造成严重影响。

总结与建议：

串标围标行为是严重破坏市场公平竞争秩序的违法行为，我国法律对此有明确的处罚规定。作为投标人或招标人，应严格遵守相关法律法规，确保招标投标的公开、公平、公正。若您在招投标过程中遇到任何法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业、全面的法律服务。