核心结论：针对二人非法同居且女方怀孕两个多月、男方不想要而女方想要的情况，女方可以从协商、法律途径保障自身及胎儿权益这两个方向来处理。以下是具体分析：

协商解决

1. 尝试沟通：女方可以主动与男方进行坦诚且深入的沟通，表达自己想要留下孩子的意愿和原因，同时也倾听男方不想要孩子的顾虑和想法。在沟通中，双方可以共同探讨可能的解决方案，例如男方是否愿意承担一定的经济责任，包括孕期检查费用、生产费用以及孩子出生后的抚养费用等；或者双方是否能够就孩子的抚养方式、探视权等问题达成初步的共识。
2. 寻求第三方协助：如果双方直接沟通存在困难或者无法达成一致，可以考虑寻求第三方的协助，如双方共同信任的亲友、长辈或者专业的调解机构。第三方可以从客观、中立的角度出发，帮助双方分析问题，提供一些合理的建议和解决方案，促进双方达成和解。

法律途径保障权益

1. 关于胎儿权益：虽然胎儿在未出生前不具有民事权利能力，但在涉及胎儿利益保护的情况下，法律也有相应的规定。如果女方决定留下孩子，在孩子出生后，男方有法定的抚养义务。如果男方拒绝履行抚养义务，女方可以以孩子的名义向法院提起诉讼，要求男方支付抚养费。抚养费的数额一般会根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平等因素来确定。
2. 关于同居期间的财产分割：如果双方在同居期间有共同的财产，如共同购置的房产、车辆、存款等，在解除同居关系时，女方可以要求对共同财产进行分割。根据相关法律规定，同居期间双方共同所得的收入和购置的财产，按一般共有财产处理。在分割时，会考虑双方对财产的贡献大小等因素。
3. 关于精神损害赔偿（如有）：如果男方在同居过程中存在过错行为，如出轨、家庭暴力等，给女方造成了精神上的伤害，女方可以在分手时要求男方给予一定的精神损害赔偿。但需要提供相应的证据来证明男方的过错行为以及自己因此遭受的精神损害程度。