员工手册并非只能由公司制定，但在制定或修改涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须遵循一定的法律程序和原则。

首先，从法律层面来看，《中华人民共和国劳动合同法》第四条明确规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，员工手册的制定或修改并非公司单方面可以决定，而是需要与员工或其代表进行充分的讨论和协商。

其次，员工手册的制定或修改必须确保内容合法，并且已经向劳动者进行了公示。这是规章制度能够作为审理劳动争议案件依据的重要前提。如果规章制度未经民主程序制定，或者内容违法，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度将不能作为用人单位管理员工的依据。

再来看一个实际案例，某服装店试图使用其代理的品牌服饰所属公司的员工手册来管理自己的员工，但仲裁庭认为，由于服装店和品牌服饰所属公司是两个独立的用人主体，其规章制度需要明确区分，品牌所属公司的规章制度不能直接认定为服装店的规章制度。这进一步说明了员工手册的制定或修改必须遵循独立性和民主性原则，不能随意借用其他主体的规章制度。

综上所述，员工手册并非只能由公司制定，但在制定或修改时，必须遵循法律规定的民主程序，确保内容合法，并且已经向劳动者进行了公示。只有这样，员工手册才能成为用人单位管理员工的合法依据。