针对“一个店铺存在多个违法行为该如何处理”这一问题，核心结论是需根据违法行为的性质、严重程度及法律关系，分别或合并进行行政处罚、刑事追责及民事赔偿，具体处理方式需结合实际情况判断。以下分情况详细说明：

1. 若多个违法行为独立存在且无牵连关系
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚；但若存在多个独立违法行为（如同时存在销售过期食品、未明码标价、消防设施不达标），行政机关可分别依据《食品安全法》《价格法》《消防法》等法律，对每个违法行为单独作出处罚（如罚款、责令整改、吊销许可证等）。若违法行为涉嫌犯罪（如销售有毒有害食品），还需移送公安机关追究刑事责任，此时行政处罚与刑事追责可并行，但行政机关需在刑事程序终结后，对未被刑事处罚的违法行为继续处理。

2. 若多个违法行为存在牵连或吸收关系
   若多个行为指向同一目的（如为逃避监管而伪造证件、篡改数据），或一个行为是另一个行为的必要手段（如为销售假货而伪造质检报告），此时通常按“重罪吸收轻罪”原则处理。例如，若某行为同时违反《刑法》和《治安管理处罚法》，优先适用《刑法》追究刑事责任；若行政违法行为与刑事犯罪行为竞合（如非法经营罪与无证经营行政违法），行政机关需将案件移送司法机关，待刑事程序终结后，再对未被刑事评价的违法行为（如未缴纳税款）补充行政处罚。

3. 民事赔偿与行政/刑事责任的并行处理
   若违法行为同时侵害消费者权益（如销售缺陷产品致人损害），受害者可依据《民法典》要求店铺承担民事赔偿责任（如赔偿医疗费、误工费），这与行政机关的处罚（如罚款、没收违法所得）或司法机关的刑事追责（如判处罚金）可同时进行。例如，店铺因销售过期食品被市场监管部门罚款，同时需向受害消费者赔偿损失，三者互不影响。

实务建议：

• 对店铺而言，若面临多部门调查（如市场监管、消防、税务联合执法），需主动配合并委托律师梳理各违法行为的事实与法律依据，争取从轻或减轻处罚（如首次违法、主动整改）；
  
• 对受害者而言，若因店铺违法行为受损（如消费欺诈、人身伤害），可同步向行政机关举报（要求处罚）和向法院起诉（要求赔偿），但需注意诉讼时效（通常为3年）；
  
• 对执法机关而言，需严格区分“一事不再罚”原则的适用范围，避免对同一行为重复处罚，同时对竞合行为及时移送司法机关，确保法律责任全面追究。
  

如有具体案件细节（如违法行为类型、处罚机关、损害后果等），可进一步向我咨询，我会结合法律条文与实务经验为您详细分析。