核心结论：超过申请执行期限后执行时对方提出执行异议，需分情况处理，主要看异议理由是否成立以及是否符合法定情形，具体如下：

1. 若对方以超过申请执行期限为由提出异议
   • 异议成立的情况：根据《民事诉讼法》及相关司法解释规定，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。如果确实超过了法定的申请执行期限，且不存在中止、中断等法定事由，对方提出的异议成立。此时，法院会裁定不予执行，你的申请将被驳回。例如，你在判决生效后，一直未采取任何措施申请执行，也没有出现如向对方主张权利、对方同意履行等导致时效中断或中止的情形，过了两年后才申请执行，对方提出超过期限异议，法院就会裁定不予执行。
   • 异议不成立的情况：如果存在申请执行时效中止、中断的法定事由，且你能提供相应的证据予以证明，那么对方的异议就不成立。比如，在申请执行期限内，你向对方发出了催款通知，对方签收，这就导致了申请执行时效中断，从中断时起，申请执行时效期间重新计算。此时，即使从判决生效起看似超过了两年，但实际上因中断事由存在，并未超过申请执行期限，法院会继续执行。
2. 若对方以其他理由提出执行异议
   • 对执行标的提出书面异议：如果对方认为执行标的存在错误，比如认为该财产不属于其所有，或者存在其他权利瑕疵等，向法院提出书面异议。法院会进行审查，并作出裁定。如果裁定驳回异议，对方不服的，可以在裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼；如果裁定中止执行，你认为异议不成立的，也可以在裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼。例如，在执行对方的房产时，对方提出该房产已经转让给了第三人，并提供了相关的转让合同等证据，法院会审查该异议是否成立。若裁定驳回，对方可以起诉；若裁定中止执行，你认为异议不成立，也可以起诉。
   • 对执行行为提出异议：对方可能对法院的执行行为，如执行程序、执行措施等提出异议。法院会在收到异议后十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或者改正；理由不成立的，裁定驳回。你对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。比如，法院在执行过程中，采取了查封、扣押等措施，对方认为查封、扣押的财产超出了执行范围，或者查封、扣押程序违法等，就可以提出执行行为异议。

在处理这类问题时，证据的收集和提供非常关键。如果你遇到超过申请执行期限对方提出执行异议的情况，有任何疑问都可以直接向我咨询。