当案外人在执行过程中提出执行异议，且执行标的物已经被执行时，我们需依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释来处理这一情况，确保各方权益得到妥善保护。以下是一个清晰、详细且具有深度的处理流程：
一、异议的提出与初步审查
提出异议：
- 案外人认为执行行为侵犯其合法权益时，应向负责执行的人民法院提出书面异议。异议申请需明确说明对执行标的主张的权利及理由，并提供相关证据材料，如权属证明、交易记录等。
初步审查：
- 执行法院在收到异议后，会进行初步的形式审查，检查异议材料是否齐全、是否符合法定形式，并确认案外人是否具备提出异议的主体资格，即与执行标的是否有直接利害关系。
二、异议的实质审查与裁定
查明事实：
- 法院受理后，会对案外人提供的证据进行核实，调查相关事实情况，包括对执行标的的权属、交易背景等进行全面审查。
审查异议理由：
- 法院根据查明的事实，分析判断案外人提出的异议理由是否成立。常见异议理由包括执行标的权属争议、执行行为违反法定程序等。
作出裁定：
- 若异议理由成立，且该异议与原判决、裁定无关，法院会裁定中止对该标的的执行，以保护案外人的合法权益。
- 若异议理由不成立，法院会裁定驳回异议申请。
- 裁定需明确、具体，并说明理由和依据。
三、特殊情形处理与后续救济途径
异议与原判决、裁定有关：
- 若案外人的异议涉及原生效法律文书的正确性，即认为原判决、裁定错误，执行法院会告知其通过审判监督程序办理，不会直接对异议进行实质审查，也不会裁定中止执行。
案外人异议之诉：
- 当案外人对执行标的享有足以排除强制执行的民事权益时，可以提起案外人异议之诉，通过司法程序确认其对执行标的的权利归属，从而阻止或撤销对该标的的执行。
复议与诉讼：
- 案外人或申请执行人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼或申请复议（具体依据法律规定和裁定内容确定），通过诉讼程序或复议程序解决权属争议或程序问题。
四、注意事项
及时提出异议：
- 案外人应在知道或应当知道其合法权益受到侵害之日起的合理期限内提出异议，以免错过维权时机。
提供充分证据：
- 案外人在提出异议时，应尽可能提供充分的证据材料支持其主张，以增加异议被采纳的可能性。
遵守法律程序：
- 在处理异议过程中，各方当事人均应严格遵守法律程序规定，不得采取非法手段干扰执行工作。
综上所述，当案外人提出执行异议且执行标的物已经被执行时，我们需依据法律规定进行严谨、公正的处理。法院会依法审查异议申请，作出公正裁定，并告知案外人后续的救济途径。案外人也应合理行使权利，共同维护法律的尊严与公正。