新增建设用地有偿使用费应由取得新增建设用地的县、市人民政府缴纳，具体由财政部门负责。以下是对这一问题的详细分析：

一、缴纳主体及责任部门

1. 缴纳主体：根据相关规定，新增建设用地有偿使用费明确由取得新增建设用地的县、市人民政府作为缴纳主体。这一规定确保了土地有偿使用制度的实施和土地资源的合理管理。
2. 责任部门：在具体操作上，这笔费用应由取得新增建设用地的县、市人民政府的财政部门负责缴纳。这明确了政府部门内部的职责分工，确保费用的及时、准确缴纳。

二、费用性质与用途

1. 费用性质：新增建设用地有偿使用费是国务院或省级人民政府在批准农用地转用、征收土地时，向以出让等有偿方式取得新增建设用地的市、县人民政府收取的平均土地纯收益。这一费用体现了国家对土地资源经济价值的认可和调控。
2. 费用用途：该费用主要用于耕地开发等相关的土地整治和保护项目。通过这笔费用的投入，可以促进耕地的有效开发和保护，维护国家粮食安全，实现土地资源的可持续利用。

三、缴纳要求与后果

1. 缴纳要求：县、市人民政府应严格按照规定标准和程序缴纳新增建设用地有偿使用费。这不仅是对国家法律法规的遵守，也是确保土地资源合理利用和耕地保护制度有效实施的重要举措。
2. 未缴纳的后果：若未按规定缴纳新增建设用地土地有偿使用费，将不予办理新增建设用地手续。这一规定体现了国家对土地资源的严格管理和对违规行为的零容忍态度，旨在防止土地资源的浪费和滥用。

四、实际操作建议

由于新增建设用地有偿使用费的征收标准和范围可能随政策调整而变化，且涉及具体的土地等别、征收标准等因素，因此在实际操作中，建议咨询当地的自然资源主管部门或向我这样的专业律师进行详细了解。这样可以确保单位和个人在缴纳费用、获得土地使用权及进行开发建设活动时符合法律法规要求，避免不必要的法律风险。

综上所述，新增建设用地有偿使用费的缴纳是县、市人民政府的一项重要责任，也是国家土地资源管理的重要环节。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。