若要起诉土地承包经营权证不合法，可按以下步骤进行，核心前提是需有充分证据证明该证存在不合法情形：

1. 明确起诉理由与法律依据
   • 理由方面：仔细审查土地承包经营权证，找出其不合法之处。比如，发证程序违法，像未按照法定程序进行公告、未征求相关利害关系人意见等；或者实体内容违法，例如将不属于可承包范围的土地进行了发证，又或者发证面积与实际承包面积严重不符等。
   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国农村土地承包法》以及相关的行政法律法规。例如该法规定，承包合同自成立之日起生效，承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。若发证机关未依法履行职责，就可能涉及违法。
2. 收集证据
   • 证明自身权益的证据：如与土地承包相关的原始合同、协议，能够证明你对土地有合法承包权益的材料，像缴纳承包费用的凭证等。
   • 证明土地承包经营权证不合法的证据：如果是程序违法，收集能证明发证程序未按规定进行的证据，例如没有公告的相关记录、未通知利害关系人参加相关会议的证明等；若是实体违法，准备能对比出实际土地情况与证书记载不符的证据，如实地测量报告、现场照片、视频等。
3. 确定被告与管辖法院
   • 被告：一般来说，颁发土地承包经营权证的县级以上地方人民政府是被告。如果经过复议的案件，复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告；复议机关维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告。
   • 管辖法院：根据《中华人民共和国行政诉讼法》规定，基层人民法院管辖第一审行政案件。对县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件，由中级人民法院管辖。所以通常是由作出土地承包经营权证的中级人民法院管辖，但具体还要看案件的实际情况以及是否有特殊规定。
4. 撰写起诉状
   • 首部：写明原告和被告的基本信息，包括姓名、性别、年龄、住址（对于政府机关要写明名称、住所、法定代表人等信息）。
   • 诉讼请求：明确提出要求撤销不合法的土地承包经营权证或者确认其无效等具体诉求。
   • 事实与理由：详细阐述土地承包经营权证不合法的具体事实，包括发证过程、存在的问题等，并结合相关法律法规说明其违法的理由。
   • 尾部：写明致送的法院名称、起诉人签名、起诉日期等内容。
5. 提交起诉状与证据材料
   • 将撰写好的起诉状以及收集好的证据材料一并提交给有管辖权的人民法院。法院会对提交的材料进行审查，符合立案条件的会予以立案，不符合的会通知补正或者不予立案并说明理由。
6. 参与诉讼过程
   • 庭前准备：在法院立案后，要按照法院的要求做好庭前准备工作，例如进一步熟悉证据材料、准备庭审陈述等。
   • 庭审过程：在庭审中，要按照法定程序进行陈述、举证、质证、辩论等环节，充分维护自己的合法权益。
   • 等待判决结果：庭审结束后，法院会根据庭审情况依法作出判决。如果对判决结果不服，可以在法定期限内提起上诉。

在起诉过程中，每一个环节都至关重要，若遇到复杂情况或不清楚如何操作，可直接向我咨询。