若投资款被认定为非法收入，需根据具体情况进行合法处理，核心原则是依法追缴或没收，同时可能涉及刑事责任追究与民事权益调整。以下从不同角度展开说明：

一、刑事程序中的处理

1. 追缴与没收
   根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物应当予以追缴或责令退赔。若投资款系通过诈骗、非法集资、贪污等犯罪行为获取，司法机关会依法查封、扣押、冻结相关资产，最终通过拍卖、变卖等方式上缴国库或返还被害人。
   示例：若某人通过虚构项目非法集资，其吸收的资金属于违法所得，即使已投入项目，也会被追缴并返还集资参与人。

2. 刑事责任追究
   若投资者明知资金来源非法仍参与投资（如洗钱罪），可能构成共犯或单独犯罪。根据《刑法》第一百九十一条，洗钱罪最高可处十年有期徒刑并处罚金。
   关键点：需证明投资者主观明知资金非法性，客观实施了掩饰、隐瞒行为（如提供资金账户、转换财产形式等）。

二、民事程序中的处理

1. 合同效力认定
   若投资行为基于非法收入签订合同（如借款合同），根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的合同无效。此时投资者可能无法通过民事诉讼主张收益，已获取的收益可能被追缴。
   例外：若合同相对方善意（不知资金非法），可能部分保护其权益，但需结合具体案情判断。

2. 财产分割与返还
   在婚姻、继承等民事关系中，若非法收入被认定为个人财产，可能被追缴；若已转化为共同财产，需先分割出非法部分予以追缴，剩余部分按法定规则分配。
   示例：夫妻一方用非法收入购房，房屋可能被追缴；若房屋已登记为共同财产，需先分割出非法份额后追缴。

三、行政程序中的处理

若投资款涉及行政违法（如未依法申报外汇、违反金融监管规定），行政机关可能依据《外汇管理条例》《证券法》等法规作出罚款、没收违法所得等处罚。
关键点：行政处罚与刑事追缴不冲突，可能并行处理（如先行政罚款，后刑事追缴）。

四、实务建议

1. 主动配合调查：若涉及刑事案件，投资者应如实说明资金来源、用途，避免因隐瞒加重责任。
   
2. 证据固定：保留投资合同、转账记录等证据，证明自身善意或不知情（如已尽合理审查义务）。
   
3. 法律救济：若对追缴、没收决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼；若涉及民事纠纷，可主张合同无效后的返还请求权。

温馨提示：法律程序复杂，建议根据具体案情委托律师介入，制定针对性策略。如有疑问，可直接向我咨询相关法律问题。