关于土地增值税清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得，是否涉及二次清算的问题，核心结论需分情况讨论：

1. 清算时未取得合法有效凭证的处理原则
   根据《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第三十四条，土地增值税清算时，纳税人需提供合法有效凭证作为成本、费用扣除的依据。若清算时未取得凭证，对应成本费用不得在清算中扣除，需按已取得凭证的部分计算应纳税额。此时税务机关会出具清算结论，纳税人需按结论缴纳税款。

2. 清算后取得合法凭证的二次清算规则

   • 允许二次清算的情形：若清算后取得合法有效凭证（如发票、政府批文等），且该凭证对应的是清算时已申报但未扣除的成本费用，纳税人可自取得凭证之日起90日内向税务机关申请重新调整清算。根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第八条，税务机关应受理并重新核定应纳税额，多退少补。
     
   • 不允许二次清算的情形：若清算后取得的凭证对应的是清算时未申报的成本费用（如虚构的支出），或凭证本身不合法（如虚假发票），则税务机关不予调整，且可能对纳税人进行税务处罚。

3. 实务中的关键风险点

   • 凭证合法性：清算后取得的凭证需符合税法规定的“合法有效”标准（如真实、与项目相关、符合财务制度），否则可能被认定为无效扣除。
     
   • 时间限制：二次清算申请需在取得凭证后90日内提出，逾期税务机关可能不予受理。
     
   • 举证责任：纳税人需主动提供凭证原件、合同、付款记录等证据，证明成本费用的真实性与关联性，否则可能承担不利后果。

建议：若您涉及此类情况，建议立即整理清算后取得的凭证及相关合同、付款记录，在90日内向主管税务机关提交书面申请，并附完整证据链。若对凭证合法性或调整流程有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体凭证类型和项目情况为您分析风险与应对策略。